使用 readOGR 的相对路径因 R 脚本或 rmarkdown 而异

Question

在我的常规 .R 脚本中，我使用相对路径通过 rgdal::readOGR:

读取数据

library(rgdal)
pts <- readOGR("data/points.gpkg")

然而，Rmd 文档中 R 片段中的相同代码：

```{r}
pts <- readOGR("data/points.gpkg")
```

returns 出现以下错误：

Error in ogrListLayers(dsn = dsn) : Cannot open data source

如果我使用

，这个错误就解决了

```{r}
pts <- readOGR("../data/points.gpkg")
```

但我不能在常规 .R 脚本中使用该路径字符串。如果我想复制我在 R 脚本中编写的代码以用于 R markdown 文档，这会令人沮丧。

我有两个问题：

1) 为什么会这样？

2) 我如何编写我的路径，以便它们 运行 在 .R 和 .Rmd 文档中

Answer 1

Rmd 文档的默认工作目录是它所在的目录。您有多种选择：

• 使用完整的文件路径（适合您，但不能移植到其他计算机）
• 将您的 Rmd 文件放在您用于 R 脚本的工作目录中
• 将您的 R 脚本与您的 Rmd 文件放在目录中
• 在你的第一个 Rmd 代码块中设置你的工作目录
• 编写脚本为文件路径添加前缀，在 R 脚本中将前缀设置为 "./"，在 Rmd 中将前缀设置为 "../"（如果你想花哨的话，可以自动检测到这个)
• 不要复制您的代码：只使用脚本或只使用 Rmd

还有很多类似的变化。

Answer 2

在 https://github.com/yihui/knitr/issues/277 找到的另一个解决方案是将根目录指定为文档顶部的一个选项：

opts_knit$set(root.dir = 'path/to/directory')