使用networkX输出树结构

Question

我正在使用 networkX 生成如下树结构（我正在关注 answer of this question）。

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G = nx.DiGraph()

G.add_node("ROOT")
for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i)
    G.add_node("Grandchild_%i" % i)
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i)

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i)
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i)
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i)

# write dot file to use with graphviz
# run "dot -Tpng test.dot >test.png"
nx.write_dot(G,'test.dot')

# same layout using matplotlib with no labels
plt.title('draw_networkx')
pos=nx.graphviz_layout(G, prog='dot')
nx.draw(G, pos, with_labels=False, arrows=False)
plt.savefig('nx_test.png')

我想画一棵树，如下图所示。

但是，我收到一条错误消息 AttributeError: module 'networkx' has no attribute 'write_dot'。我的 networkx 版本是 1.11（使用 conda）。我尝试了不同的 hacks，但其中 none 有效。

所以，我很想知道是否有另一种使用 networkx 绘制树结构的方法来获得类似于图中提到的输出。请告诉我。

Answer 1

我认为这个问题已在 networkx 2.x 上解决，但在此之前你应该像这样显式导入函数。

from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot

或

from networkx.drawing.nx_pydot import write_dot

我希望这能奏效。

Answer 2

你完全可以用pygraphviz画出二合字母。

需要先执行以下步骤，因为 pygraphviz 没有 graphviz 就无法工作（截至目前）。

从 http://www.graphviz.org/Download_windows.php 下载 graphviz-2.38.msi 并安装
从 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pygraphviz

pygraphviz

导航到您下载 wheel 文件的目录和运行您的平台特定的 wheel pip install pygraphviz‑1.3.1‑cp34‑none‑win32.whl
添加 dot.exe 到主机路径例如在 windows 控制面板 -> 系统 -> 编辑环境变量 -> 修改 PATH

之后可以创建 dot 和 png 文件，如下所示。

工作代码

import pygraphviz as pgv

G=pgv.AGraph(directed=True)

#Attributes can be added when adding nodes or edge
G.add_node("ROOT", color='red')
for i in range(5):
    G.add_node("Child_%i" % i, color='blue')
    G.add_node("Grandchild_%i" % i, color='blue')
    G.add_node("Greatgrandchild_%i" % i, color='blue')

    G.add_edge("ROOT", "Child_%i" % i, color='blue')
    G.add_edge("Child_%i" % i, "Grandchild_%i" % i, color='blue')
    G.add_edge("Grandchild_%i" % i, "Greatgrandchild_%i" % i, color='blue')

# write to a dot file
G.write('test.dot')

#create a png file
G.layout(prog='dot') # use dot
G.draw('file.png')

PNG 文件

使用networkX输出树结构

Using networkX to output a tree structure

python

graphviz

networkx

pygraphviz