计算 lm4/lmerTest 中空随机效应模型的 p 值

Question

Edit1：正如下面@RolandASc 所报告的那样，lmerTest 中似乎存在错误。我已经给包的维护者写了一封电子邮件，报告了这个问题。
Edit2：维护者回应："we are working on an update, where such issues hopefully will be dealt with in better ways…"

我正在尝试使用 lme4 / lmerTest 为零随机效应模型获取 p.values，但无法弄清楚为什么不为 [=17 计算它们=] 模型.

使用 sleepstudy 数据，我将模型定义如下：

library(lmerTest)
lmer0 <- lmer(Reaction ~ 1 + (1|Subject), data = sleepstudy)

我希望对 summary(lmer0) 的调用会为固定效果中的截距打印 p.value - 但是 lmerTest 这样做失败并且实际上从 lme4:

> summary(lmer0)
summary from lme4 is returned
some computational error has occurred in lmerTest
Linear mixed model fit by REML ['lmerMod']
Formula: Reaction ~ 1 + (1 | Subject)
   Data: sleepstudy

REML criterion at convergence: 1904.3

Scaled residuals: 
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-2.4983 -0.5501 -0.1476  0.5123  3.3446 

Random effects:
 Groups   Name        Variance Std.Dev.
 Subject  (Intercept) 1278     35.75   
 Residual             1959     44.26   
Number of obs: 180, groups:  Subject, 18

Fixed effects:
            Estimate Std. Error t value
(Intercept)   298.51       9.05   32.98

如果我在哪里使用 nlme 相同的模型，一切看起来都正确：

library(nlme)
lme0 <- lme(Reaction ~ 1, random = ~1|Subject, data = sleepstudy)
summary(nlme0)
Linear mixed-effects model fit by REML
 Data: df 
       AIC      BIC    logLik
  1910.327 1919.889 -952.1633

Random effects:
 Formula: ~1 | Subject
        (Intercept) Residual
StdDev:    35.75385 44.25907

Fixed effects: Reaction ~ 1 
               Value Std.Error  DF  t-value p-value
(Intercept) 298.5079  9.049936 162 32.98453       0

Standardized Within-Group Residuals:
       Min         Q1        Med         Q3        Max 
-2.4983313 -0.5501348 -0.1475698  0.5122894  3.3445880 

Number of Observations: 180
Number of Groups: 18

P.S。如果这个问题更适合 CrossValidated，请告诉我，我会把它移到那里。谢谢。

Answer 1

这是 lmerTest:::calcSummary 中的错误。

它期望 result 成为 matrix，但是在您的情况下它被缩减为 vector。

看起来是一个相当简单的修复。

Answer 2

作为 lmerTest 开发人员之一，我可以确认这确实是一个错误。

它在 GitHub (https://github.com/runehaubo/lmerTest) 的开发版本中也已修复，您可以使用

安装

library("devtools")
install_github("runehaubo/lmerTest")

也请在 GitHub 上提出潜在的未来错误。

Br 符文

计算 lm4/lmerTest 中空随机效应模型的 p 值

Computing p-values for a null random effect model in lm4/lmerTest

r

lme4

mixed-models

lmertest