无法在 conda 环境中安装 bioconda 包

Question

我正在尝试从 anaconda 中的 Bioconda 频道安装一些软件包，但即使添加了频道，我也会遇到以下错误：

C:\Users\matti>conda install -c bioconda pybedtools
Solving environment: failed

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - pybedtools

Current channels:

  - https://conda.anaconda.org/bioconda/win-64
  - https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/win-64
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
  - https://repo.continuum.io/pkgs/main/win-64
  - https://repo.continuum.io/pkgs/main/noarch
  - https://repo.continuum.io/pkgs/free/win-64
  - https://repo.continuum.io/pkgs/free/noarch
  - https://repo.continuum.io/pkgs/r/win-64
  - https://repo.continuum.io/pkgs/r/noarch
  - https://repo.continuum.io/pkgs/pro/win-64
  - https://repo.continuum.io/pkgs/pro/noarch
  - https://repo.continuum.io/pkgs/msys2/win-64
  - https://repo.continuum.io/pkgs/msys2/noarch
  - https://conda.anaconda.org/daler/win-64
  - https://conda.anaconda.org/daler/noarch
  - https://conda.anaconda.org/anaconda-fusion/win-64
  - https://conda.anaconda.org/anaconda-fusion/noarch

这也适用于其他 bioconda 包，如 bowtie2。我已经尝试过常规的 pip install 和 easy_install 但它们也不起作用。有任何想法吗？

Answer 1

您尝试过以下命令吗？

conda install --channel bioconda/label/bioconda-utils-test package

或

conda install -c conda-forge python-utils

Answer 2

从您的命令行看来您正在 windows。 bioconda 上有多个 pybedtools 版本，但是，如果我 grep 通过它们，它们都是针对 linux 平台的。

如果您使用 Windows 10，您可以考虑设置 'windows subsystem for linux'（可能还有 Xming），安装 conda，然后安装 pybedtools。这显然是一个冗长的方法，但会向您打开许多 bioconda 包

无法在 conda 环境中安装 bioconda 包

Unable to install bioconda packages in conda environments

python

environment

packages

anaconda

conda