如何在 pandas HDF5 'read-only mode' 文件之上写入？

Question

我正在使用 pandas 内置 HDF5 方法存储数据。

不知何故，这些 HDF5 文件变成了 'read-only' 文件，当我以写入模式打开这些文件时，我收到很多 Opening xxx in read-only mode 消息，我不能'不写了，这是我真正需要做的事情

到目前为止我真正不明白的是这些文件是如何变成只读的，因为我不知道我写的一段代码可能会导致这种行为。 （我曾尝试检查存储在 HDF5 中的数据是否已损坏，但我能够读取并操作它，所以它似乎工作正常）

我有两个问题：

如何将数据附加到那些 'read-only mode' HDF5 文件？（我可以将它们转换回写入模式或任何其他巧妙的解决方案吗？）
是否有任何 pandas 方法可以将 HDF5 文件默认更改为 'read-only mode'，这样我就可以避免首先将这些文件变为只读？

代码：

引发此问题的代码是，我用来保存生成的输出的代码：

    with pd.HDFStore('data/observer/' + self._currency + '_' + str(ts)) as hdf:

        hdf.append(key='observers', value=df, format='table', data_columns=True)

我也使用这段代码来操作之前生成的输出：

    for the_file in list_dir:
        if currency in the_file:
            temp_df = pd.read_hdf(folder + the_file)
            ...

我也使用一些 select 命令从数据文件中获取特定列：

    with pd.HDFStore('data/observer/' + self.currency + '_' + timestamp) as hdf:
        df = hdf.select(key='observers', columns=[x, y])

错误回溯：

File ".../data_processing/observer_data.py", line 52, in save_obs_to_pandas
hdf.append(key='observers', value=df, format='table', data_columns=True)
File ".../venv/lib/python3.5/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 963, in append
**kwargs)
File ".../venv/lib/python3.5/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 1341, in _write_to_group
s.write(obj=value, append=append, complib=complib, **kwargs)
File ".../venv/lib/python3.5/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 3930, in write
self.set_info()
File ".../venv/lib/python3.5/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 3163, in set_info
self.attrs.info = self.info
File ".../venv/lib/python3.5/site-packages/tables/attributeset.py", line 464, in __setattr__
nodefile._check_writable()
File ".../venv/lib/python3.5/site-packages/tables/file.py", line 2119, in _check_writable
raise FileModeError("the file is not writable")
tables.exceptions.FileModeError: the file is not writable
"""

The above exception was the direct cause of the following exception:

Traceback (most recent call last):
File ".../general_manager.py", line 144, in <module>
gm.run()
File ".../general_manager.py", line 114, in run
list_of_observer_managers = self.load_all_observer_managers()
File ".../general_manager.py", line 64, in load_all_observer_managers
observer = currency_pool.map(self.load_observer_manager, list_of_currencies)
File "/usr/lib/python3.5/multiprocessing/pool.py", line 260, in map
return self._map_async(func, iterable, mapstar, chunksize).get()
File "/usr/lib/python3.5/multiprocessing/pool.py", line 608, in get
raise self._value
tables.exceptions.FileModeError: the file is not writable

Answer 1

手头的问题是我弄乱了 OS 文件权限。我试图读取的文件属于 root（因为我有运行使用根目录生成这些文件的代码）并且我试图使用 user 帐户访问它们。

我是运行ning debian，下面的命令（作为 root）解决了我的问题：

chown -R user.user folder

此命令递归地将文件夹内所有文件的权限更改为 user.user。

如何在 pandas HDF5 'read-only mode' 文件之上写入？

How to write on top of pandas HDF5 'read-only mode' files?

python

hdf5

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pandas