SPSS 的 MIXED 过程中 REPEATED 子命令的 lmer/nlme 等价物是什么？

Question

我遇到了这样的 SPSS 语法

MIXED value BY factor1
    /CRITERIA=CIN(95) MXITER(100) MXSTEP(10) SCORING(1) SINGULAR(0.000000000001)
    HCONVERGE(0, ABSOLUTE) LCONVERGE(0, ABSOLUTE) PCONVERGE(0.000001,
    ABSOLUTE)
    /FIXED=factor1 | SSTYPE(3)
    /METHOD=REML
    /REPEATED=factor1 | SUBJECT(participant) COVTYPE(UN).

并努力为此类模型找到等效的 lmer/nlme（或一般的 R）公式。

有人知道如何将 REPEATED 子命令转换为 R 代码吗？

Answer 1

我认为 /REPEATED 只是指定随机效应的方式，所以

random=~factor1|participant 在 nlme.

我还猜测固定效应和随机效应的截距都是隐含的。

所以在 lme4 + lmerTest 中，整个模型可能是：

m <- lmerTest::lmer(value ~ 1 + factor1 + (1+factor1|participant))
lmerTest::anova(m, type=3,ddf='Satterthwaite')

Answer 2

这总结了 answers 我在 r-sig-mixed-models 邮件列表上的内容：
REPEATED命令指定残差方差-协方差矩阵（R矩阵中的结构，即所谓R-side结构, 的 model。对于 lme4::lmer()，此结构固定为单位矩阵的倍数。但是，可以使用 nlme::gls() 中的 weights 和 correlation 参数指定 R-side 结构，如下所示：

gls(value ~ factor1,
    correlation = corSymm(form = ~ 1|participant),
    weights = varIdent(form = ~1|factor1),
    method = "REML", 
    data = data)

如果除了 R 端结构之外还需要 G 端 效果，nlme::lme() 提供了适当的扩展。

Answer 3

我们在论文中有运行一些混合模型，我们在 R 中复制了所有 SPSS 结果。这是我们的语法：

MIXED y BY x1 WITH x2 x3
  /CRITERIA=CIN(95) MXITER(100) MXSTEP(10) SCORING(1) SINGULAR(0.000000000001) HCONVERGE(0, 
    ABSOLUTE) LCONVERGE(0, ABSOLUTE) PCONVERGE(0.000001, ABSOLUTE)
  /FIXED=x1 x2 x3 | SSTYPE(3)
  /METHOD=REML
  /PRINT=G  R SOLUTION TESTCOV
  /RANDOM=INTERCEPT x1 | SUBJECT(id) COVTYPE(UN)
  /REPEATED=x1| SUBJECT(id) COVTYPE(UN).


lmer(
  y ~ x1 + x2 + x3 + (1 + x1 | id),
  data = data,
  # this one is required because the random slope
  # is categorical. else, you could model uncorrelated
  # slope / intercept, see below 
  control = lmerControl(check.nobs.vs.nRE = "ignore")
)

或

lmer(
  y ~ x1 + x2 + x3 + (1 + x1 || id),
  data = data
)

我们已将时间变量 x1 转换为一个因子，因为 SPSS 似乎无法处理 REPEATED 语句中的数字时间变量。

要获得相同的标准误差、p 值和置信区间，请使用 lmerTest::summary(..., ddf = "Satterthwaite")，因为 SPSS 默认使用 Satterthwaite 近似。

SPSS 的 MIXED 过程中 REPEATED 子命令的 lmer/nlme 等价物是什么？

What is the lmer/nlme equivalent of the REPEATED subcommand in SPSS's MIXED procedure?

r

spss

lme4

mixed-models

nlme