Python: 在 ITK 中使用 3 维 numpy 数组

Question

我有以下问题。我有一个充满浮点数的 3D numpy 数组，称为 scoreMatrix。现在我想像阈值过滤器一样在它上面使用 Itk 过滤器。这通常可能吗？我试图将 numpy 数组转换为 itk 图像，然后对其进行处理。还有其他方法吗？:

    scoreMatrixItk = itk.GetImageViewFromArray(scoreMatrix)

    itk.imwrite(scoreMatrixItk, "scoreMatrixItk")
    PixelType = itk.UC
    Dimension = 3

    ImageType = itk.Image[PixelType, Dimension]

    reader = itk.ImageFileReader[ImageType].New()
    reader.SetFileName('scoreMatrixItk')

    thresholdFilter = itk.OtsuMultipleThresholdsImageFilter[
            ImageType,
            ImageType].New()
    thresholdFilter.SetInput(reader.GetOutput())

    thresholdFilter.SetNumberOfHistogramBins(3)
    thresholdFilter.SetNumberOfThresholds(2)
    thresholdFilter.SetLabelOffset(4)

    rescaler = itk.RescaleIntensityImageFilter[ImageType, ImageType].New()
    rescaler.SetInput(thresholdFilter.GetOutput())
    rescaler.SetOutputMinimum(0)
    rescaler.SetOutputMaximum(255)

    writer = itk.ImageFileWriter[ImageType].New()
    writer.SetFileName('outputImage.tiff')
    writer.SetInput(rescaler.GetOutput())

    writer.Update()

但我收到错误：KeyError: "itkTemplate : No template [ >] for the itk::ImageFileWriter class"

有什么需要注意的地方吗？

Answer 1

一个简短的博客post about itk<->Numpy conversions. You should combine it with information from this one。我认为将 scoreMatrixItk 写入文件是不必要的。在可能更改创建 thresholdFilter 时使用的类型之后，您应该能够执行 thresholdFilter.SetInput(scoreMatrixItk)。由于您使用的是 unsigned char，因此不需要 rescaler 除非您想增加强度范围，例如0-50 变成 0-255。我不知道为什么你现在会收到错误。

Answer 2

除了@Dženan 的回复，还有一个问题：您没有为scoreMatrixItk指定文件格式。格式根据后缀确定。所以下面一行：

itk.imwrite(scoreMatrixItk, "scoreMatrixItk.vtk")

可能会阻止您犯错误。

Python: 在 ITK 中使用 3 维 numpy 数组

Python: Using a 3 dimensional numpy array in ITK

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