如何计算biopython中的密码子使用偏差（RSCU）
How to calculate codon usage bias (RSCU) in biopython
我正在寻找使用模块 CodonUsage 计算给定序列的 RSCU 值。在 CodonUsage (here) 的源代码中，RSCU 值在函数 generate_index 内计算，该函数位于 class CodonAdaptionIndex 内（RSCU 在第 101 行计算）。如何访问 generate_index？另外，我如何让我的脚本访问我的序列（到目前为止它们是 .txt 上的 FASTA 格式）。
感谢阅读
您可以像这样导入函数并生成 CodonAdaptionIndex 对象来访问该函数：
from Bio.SeqUtils import CodonUsage as CU
myIndex = CU.CodonAdaptationIndex()
myIndex.generate_index("/path/to/myFastaFile")
从文档来看，FASTA 格式的文件似乎非常适合使用。
对于Python 3+，尝试可以处理替代遗传密码的CAI package, which includes an RSCU函数：
from CAI import RSCU
RSCU("GATACAGTAGAC")
我正在寻找使用模块 CodonUsage 计算给定序列的 RSCU 值。在 CodonUsage (here) 的源代码中，RSCU 值在函数 generate_index 内计算，该函数位于 class CodonAdaptionIndex 内（RSCU 在第 101 行计算）。如何访问 generate_index？另外，我如何让我的脚本访问我的序列（到目前为止它们是 .txt 上的 FASTA 格式）。
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您可以像这样导入函数并生成 CodonAdaptionIndex 对象来访问该函数：
from Bio.SeqUtils import CodonUsage as CU
myIndex = CU.CodonAdaptationIndex()
myIndex.generate_index("/path/to/myFastaFile")
从文档来看，FASTA 格式的文件似乎非常适合使用。
对于Python 3+，尝试可以处理替代遗传密码的CAI package, which includes an RSCU函数：
from CAI import RSCU
RSCU("GATACAGTAGAC")