r 运行 easyPubMed 从数据框列逐行查询

Question

我有一个如下所示的数据框；

我想运行使用 easyPubMed 包在 Pubmed 中逐行查询。对于每个 row/query 应该获取 PMID 列表。此列表应在另一个名为 'PMID'.

的列中检索

Answer 1

这可能有效

library(easyPubMed)
library(purrr)
Query <- c('rituximab OR bevacizumab','meningitis OR headache')
Heading <- c('A','B')
x <- as.data.frame(cbind(Heading,Query),stringsAsFactors = F)
x$PMID<- ""
ids <- map(x[,"Query"],get_pubmed_ids)
for (i in 1:length(ids)) {
  x[i,"PMID"]<- paste(ids[[i]][["IdList"]],collapse = ",")
}

我认为 "sapply" 不会 return 预期的结果，所以从 "purrr" 包走 "map" 方式更安全。

r 运行 easyPubMed 从数据框列逐行查询

r run easyPubMed queries row wise from a data frame column

r

pubmed