将 Tukey 的重要字母添加到箱线图

Question

我正在尝试创建一个箱线图，在 yaxis 上使用计数 (MedMean) 的 ggplot，在 x 轴上使用各种独立样本 (Site_Name)。

ggplot(medianlist,aes(x=reorder(Site_Name,MedMean,FUN=median),y=MedMean))+
geom_boxplot()

我想将 Tukey 的重要字母添加到框中。

谢谢

Answer 1

使用agricolae::HSD.test你可以做到

library(dplyr)
library(agricolae)
library(ggplot2)
iris.summarized = iris %>% group_by(Species) %>% summarize(Max.Petal.Length=max(Petal.Length))
hsd=HSD.test(aov(Petal.Length~Species,data=iris), "Species", group=T)
ggplot(iris,aes(x=reorder(Species,Petal.Length,FUN = median),y=Petal.Length))+geom_boxplot()+geom_text(data=iris.summarized,aes(x=Species,y=0.2+Max.Petal.Length,label=hsd$groups$groups),vjust=0)

将 Tukey 的重要字母添加到箱线图

Adding Tukey's significance letters to boxplot

r

ggplot2

posthoc

tukey