MPI_File_read_at_all 尝试读取大文件时给出无效的计数参数

Question

我写了一个简单的 C 程序来试用 MPI-IO；该程序读取一个文本文件，每个进程输出它读取的部分的第一个字符。该程序适用于不同大小（100KB、30MB、500MB、2.5GB）但当我尝试 7.5GB 文件时，出现此错误：

Invalid count, error stack:
MPI_FILE_IREAD_AT(104): Invalid count argument

我尝试了集体法（MPI_File_read_at_all）和独立法（MPI_File_read），都无法读取7.5GB的文件。这是负责阅读的代码：

MPI_File fh;
MPI_Offset total_number_bytes, number_bytes;
long long nchars;
int errclass, resultlen;
char err_buffer[MPI_MAX_ERROR_STRING];    

MPI_File_open(MPI_COMM_WORLD, "bigfastq", MPI_MODE_RDONLY, MPI_INFO_NULL, &fh);
MPI_File_get_size(fh, &total_number_bytes);

number_bytes = total_number_bytes/size;
nchars = number_bytes/sizeof(char);
//char buf[nchars+1];
char *buf = (char*)malloc(sizeof(char)*nchars);
MPI_Offset offset = rank*number_bytes;

int err = MPI_File_read_at_all(fh, offset, buf, nchars, MPI_CHAR, &status);
if(err != MPI_SUCCESS){
    MPI_Error_class(err,&errclass);
    if (errclass== MPI_ERR_COUNT) {
        printf("Invalid count class!!\n");
    }
    MPI_Error_string(err,err_buffer,&resultlen);
    fprintf(stderr,err_buffer);

    MPI_File_close(&fh);
    MPI_Finalize();
    return 0;
}

MPI_File_close(&fh);

printf("rank: %d, buf[%lld]: %c, count: %lld\n", rank, offset, buf[offset], count);


MPI_Finalize();

知道为什么在尝试 7.5GB 文件时出现此错误吗？

提前致谢！

Answer 1

MPI_File_read_at_all() 第四个参数（count）是一个int。因此，您的 long long 可能会被截断为负整数。

您可以创建一个大的派生数据类型，以便 count 适合带符号的整数，或者发出多个较短的读取。

MPI_File_read_at_all 尝试读取大文件时给出无效的计数参数

MPI_File_read_at_all giving invalid count argument when trying to read big files

c

parallel-processing

hpc

mpi

mpi-io