使用 metafor 包将科学记数法标签添加到森林图中

Question

所以我正在使用 R 中的 meta.for 包进行荟萃分析。我正在准备要在科学期刊上发表的数据，我想将 p 值添加到我的森林图中，但科学注释的格式为

x10<sup>-04</sup>

而不是标准

e-04

但是 forest 函数中的参数 ilab 不接受 expression class 对象而只接受向量

这是一个例子：

library(metafor)
data(dat.bcg)

## REM 
res <- rma(ai = tpos, bi = tneg, ci = cpos, di = cneg, data = dat.bcg,
           measure = "RR",
           slab = paste(author, year, sep = ", "), method = "REML")
# MADE UP PVALUES
set.seed(513)
p.vals <- runif(nrow(dat.bcg), 1e-6,0.02)

# Format pvalues so only those bellow 0.01 are scientifically notated
p.vals <- ifelse(p.vals < 0.01, 
                 format(p.vals,digits = 3,scientific = TRUE,trim = TRUE),
                 format(round(p.vals, 2), nsmall=2, trim=TRUE))

## Forest plot
forest(res, ilab = p.vals, ilab.xpos = 3, order = "obs", xlab = "Relative Risk")

我希望 p 值的科学记数法格式为

x10<sup>-04</sup>

我见过的所有类似问题的答案都建议使用 expression() 但这给出了 Error in cbind(ilab) : cannot create a matrix from type 'expression' 这是有道理的，因为 forest 上的帮助文件指定 ilab 参数应该是一个向量。

关于如何解决或解决这个问题的任何想法？

Answer 1

一个 hacky 的解决方案是

forest.rma <- edit(forest.rma)

转到第 574 行并更改

## line 574
text(ilab.xpos[l], rows, ilab[, l], pos = ilab.pos[l],

至

text(ilab.xpos[l], rows, parse(text = ilab[, l]), pos = ilab.pos[l],

修复你的 p-values 和 plot

p.vals <- gsub('e(.*)', '~x~10^{"\1"}', p.vals)
forest(res, ilab = p.vals, ilab.xpos = 3, order = "obs", xlab = "Relative Risk")

使用 metafor 包将科学记数法标签添加到森林图中

Adding Labels in Scientific Notation to Forest Plots Using the metafor package

r

expression

scientific-notation

forestplot

metafor