如何使用 MDAnalysis 从 Amber 加载 .prmtop 和 .crd 文件？

Question

我正在尝试从 Amber 加载一个 .crd 文件，但是失败了，因为它不是 MDAnalysis 期望的格式（见最后的错误）：

topology = 'top.prmtop'
trajectory = 'amberOut.crd'
u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)

我看到这个 thread and also this library 如果我可以使用 MDAnalysis 读取 Amber .crd 文件，我不想使用它。

知道为什么它不起作用吗？如果我在 VMD 中加载轨迹，我将使用此命令（并且有效）：

vmd -parm7 top.prmtop -crdbox amberOut.crd

Traceback (most recent call last):
  File "analysis.py", line 5, in <module>
    u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 305, in __init__
    self.load_new(coordinatefile, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 535, in load_new
    self.trajectory = reader(filename, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/base.py", line 1943, in __init__
    self._read_first_frame()
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/CRD.py", line 73, in _read_first_frame
    natoms = int(fields[0])
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '96.380'

Answer 1

在命令中为 Universe 使用 format="TRJ" 关键字参数：

u = MDAnalysis.Universe("top.prmtop", "amberOut.crd", format="TRJ")

您说您将 VMD 与 "crdbox" 一起使用并且 "crdbox" 扩展名被 MDAnalysis 识别为 Amber ASCII trajectory。但是，您用于文件的 "crd" 扩展名已用于 CHARMM 坐标文件（"CRD" 文件），因此您需要明确指定 Universe.[= 的轨迹格式17=]

（如果你给你的轨迹扩展 "crdbox" 或 "trj" 例如 "amberOut.crdbox" 或 "amberOut.trj" 那么 MDAnalysis 会自动将它识别为 Amber ASCII 轨迹。但是，您始终可以使用显式 format 关键字参数覆盖格式检测。）

更新：基于这个问题，我们更新了 Amber 轨迹 reader 的 MDAnalysis 文档以包含 how to read Amber "crd" trajectories.

的注释

如何使用 MDAnalysis 从 Amber 加载 .prmtop 和 .crd 文件？

How to load .prmtop and .crd files from Amber using MDAnalysis?

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