R vegan 包中的部分 Mantel 测试给出错误

Question

我正在尝试运行使用 R 素食包进行部分 Mantel 测试。即使在非常简单的虚拟数据上，我也会在输出中收到以下错误。

我的代码：

  m1 = matrix(c(0, 1, 2,
                1, 0, 3,
                2, 3, 0),nrow = 3)
  m2 = m1 * 2
  m3 = m1 * 3
  mtest = mantel.partial(xdis = m1, ydis = m2,zdis = m3)
  print(mtest)

输出：

Partial Mantel statistic based on Pearson product-moment correlation 

Call:
mantel.partial(xdis = m1, ydis = m2, zdis = m3) 

Mantel statistic r:   NaN 
      Significance: NA 

Error in quantile.default(x$perm, c(0.9, 0.95, 0.975, 0.99)) : 
  missing values and NaN's not allowed if 'na.rm' is FALSE

Answer 1

示例矩阵是线性相关的； m2 是 m1 的简单线性变换，因此它们完全相关。 m3 也是如此。一旦你考虑了一对矩阵之间的相关性，就没有什么可以关联的了，因此出现了奇怪的 NaNs 和 NAs 以及最终的错误。

R vegan 包中的部分 Mantel 测试给出错误

Partial Mantel test in R vegan package gives error

r

matrix

correlation

vegan