在 Linux 上安装 nloptr
Installing nloptr on Linux
我正在尝试在没有互联网连接的 CentOS Linux 机器上安装 R 包 nloptr，如下所示：
install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", repos = NULL, type="source")
此命令依次在线查找以下文件
http://ab-initio.mit.edu/nlopt/nlopt-2.4.2.tar.gz
但是，这失败了，因为没有互联网连接到机器。
我尝试了以下 Whosebug post 的建议：
我更改了配置中的 URL 和 configure.ac 文件如下：
NLOPT_URL="file:///home//ravi//${NLOPT_TGZ}"
但是，当我尝试再次安装软件包时出现以下错误：
> install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", repos = NULL, type="source")
* installing *source* package 'nloptr' ...
files 'configure', 'configure.ac' have the wrong MD5 checksums
ERROR: 'configure' exists but is not executable -- see the 'R Installation and Administration Manual'
* removing '/opt/vertica/R/library/nloptr'
Warning message:
In install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", :
installation of package '/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz' had non-zero exit status
有人可以指导我如何在本地安装这个 R 包吗？
更新 1
根据 Dirk 的建议先安装 nlopt，我按照以下页面中给出的说明进行操作：
http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Installation
我安装了 nlopt 如下：
./configure --enable-shared
make
make install
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/lib
当我尝试在 R 中重新安装 nloptr 时，它不再寻找 nlopt link 而是抛出以下错误：
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/opt/vertica/R/library/nloptr/libs/nloptr.so':
/opt/vertica/R/library/nloptr/libs/nloptr.so: undefined symbol: nlopt_set_maxtime
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing '/opt/vertica/R/library/nloptr'
Warning message:
In install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", :
installation of package '/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz' had non-zero exit status
更新 2
根据 Dirk 的建议，我查看了 ldconfig 命令并使用了以下参考资料：
http://codeyarns.com/2014/01/14/how-to-add-library-directory-to-ldconfig-cache/
我编辑了 /etc/ld.so.conf 文件，添加了包含共享库的目录 /usr/local/lib 和 运行 ldconfig 命令。这添加了相关的共享库，如下所示：
libnlopt.so.0 (libc6,x86-64) => /usr/local/lib/libnlopt.so.0
libnlopt.so (libc6,x86-64) => /usr/local/lib/libnlopt.so
但是，当我尝试重新安装 nloptr 包时，我仍然遇到相同的共享对象错误。
有人可以指导我解决共享库错误吗？
当你说 [t]他的命令依次在线查找以下文件 你只得到了一半的故事。我与实际 nloptr 包的维护者 Jelmer 一起修改了包以执行以下操作：
- 寻找安装 libnlopt 库，如果找到，使用它
- 如果未找到，则返回旧行为并下载库
所以你可以简单地通过
安装nlopt
sudo apt-get install libnlopt-dev
（或等效的 sudo dpkg -i /media/.... 指向文件
USB 驱动器等 pp)，然后重新安装 nloptr 包。它会起作用的。在我的机器上：
edd@max:~$ install.r nloptr ## install.r is in littler
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/nloptr_1.0.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 353942 bytes (345 KB)
==================================================
downloaded 345 KB
* installing *source* package ‘nloptr’ ...
** package ‘nloptr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for g++... g++
checking whether the C++ compiler works... yes
checking for C++ compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ accepts -g... yes
checking how to run the C++ preprocessor... g++ -E
checking whether we are using the GNU C++ compiler... (cached) yes
checking whether g++ accepts -g... (cached) yes
checking for pkg-config... yes
configure: Now testing for NLopt header file.
[...]
checking for nlopt.h... yes
configure: Suitable NLopt library found.
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -c dummy.cpp -o dummy.o
gcc -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O3 -Wall -pipe -pedantic -std=gnu99 -c nloptr.c -o nloptr.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o nloptr.so dummy.o nloptr.o -lnlopt -lm -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/nloptr/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (nloptr)
The downloaded source packages are in
‘/tmp/downloaded_packages’
edd@max:~$
注意它是如何从找到 nlopt 安装的实际 R 包中只编译两个文件的。
我遇到了完全相同的问题，在无法直接访问 Internet 的生产机器上，使用的是 Red Hat Enterprise Linux Server 版本 6.6（圣地亚哥）。上面提出的修正没有奏效：在系统上安装 nlopt 库时，随后尝试安装 nloptr 失败并出现 "nlopt_set_maxtime" 错误。我尝试 fiddle 使用 nlopt 的编译选项，但无济于事。我什至在 Ubuntu 一台连接互联网的机器上重现了这个问题：我卸载了 nloptr，在系统上安装了 nlopt，然后 nloptr 安装失败。
最后我通过以下步骤解决了这个问题：
- 从操作系统中卸载 nlopt（确保已彻底删除）。
- 手动下载nlopt-2.4.2.tar.gz复制到/tmp/
- 手动下载nloptr_1.0.4.tar.gz到工作目录并解压；这将创建目录 "nloptr/".
编辑 "nloptr/configure"，注释掉行
$("${R_HOME}/bin/Rscript" --vanilla -e
"download.file(url='${NLOPT_URL}', destfile='${NLOPT_TGZ}')")
并插入一个新行：
$("${R_HOME}/bin/Rscript" --vanilla -e
"file.copy(from='/tmp/nlopt-2.4.2.tar.gz', to='${NLOPT_TGZ}')")
安装 "R CMD INSTALL nloptr"。
我想我和你有同样的问题，我使用的是 CentOS 6.5
在 R 中删除 nlopt 并使用 install.packages() 安装 nloptr，将自动安装一个 nlopt。
我在解压的 nlopt 文件夹中使用以下命令删除了已安装的 nlopt。
make uninstall
如果您曾尝试在 CentOS 中使用 epel 存储库并使用 yum 安装了 nlopt，请尝试：
yum remove nlopt
删除现有的 nlopt 后，我可以使用
安装 nloptr
install.packages("nloptr")
我在 RHEL 7.2 实例上设置 nloptr 时遇到了同样的问题。对于使用 RHEL 的用户，您可以执行以下操作：
按相同顺序下载并安装以下 RPMS：
NLopt-2.4.2-2.el7.x86_64.rpm- https://pkgs.org/centos-7/epel-x86_64/NLopt-2.4.2-2.el7.x86_64.rpm.html
NLopt-devel-2.4.2-2.el7.x86_64.rpm - https://pkgs.org/centos-7/epel-x86_64/NLopt-devel-2.4.2-2.el7.x86_64.rpm.htm
请注意，根据您的系统配置，这些 RPM 可能需要安装其他依赖项。
Post 您可以使用 install.packages 实用程序直接安装 nloptr 或从 CRAN 下载源代码并按照之前回复中的建议从源代码安装。
希望对您有所帮助！
基兰
如果您使用的是 CentOS（并且可以访问互联网，但无法访问 nlopt 服务器），您可以先使用
安装 nlopt
yum install nlopt nlopt-devel
然后就可以正常安装nloptr了
我在 Ubuntu 上遇到了类似的问题。除了将 nlopt-dev 安装为 ，我还必须安装 pkg-config:
sudo apt-get install pkg-config
希望对您有所帮助。
如果您使用的是 AWS Linux，以下内容应该对您有所帮助
yum --enablerepo=epel install NLopt-devel -y
我刚刚通过以下两个步骤在我的服务器上解决了这个问题：
- 安装
libnlopt-dev 和 nlopt 以及
sudo apt-get install libnlopt-dev
pip install nlopt
- 使用
sudo R 启动 R 并输入：
withr::with_makevars(c(PKG_LIBS='-lnlopt'),install.packages('nloptr'),assignment='+=')
我正在尝试在没有互联网连接的 CentOS Linux 机器上安装 R 包 nloptr，如下所示：
install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", repos = NULL, type="source")
此命令依次在线查找以下文件
http://ab-initio.mit.edu/nlopt/nlopt-2.4.2.tar.gz
但是，这失败了，因为没有互联网连接到机器。
我尝试了以下 Whosebug post 的建议：
我更改了配置中的 URL 和 configure.ac 文件如下：
NLOPT_URL="file:///home//ravi//${NLOPT_TGZ}"
但是，当我尝试再次安装软件包时出现以下错误：
> install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", repos = NULL, type="source")
* installing *source* package 'nloptr' ...
files 'configure', 'configure.ac' have the wrong MD5 checksums
ERROR: 'configure' exists but is not executable -- see the 'R Installation and Administration Manual'
* removing '/opt/vertica/R/library/nloptr'
Warning message:
In install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", :
installation of package '/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz' had non-zero exit status
有人可以指导我如何在本地安装这个 R 包吗？
更新 1
根据 Dirk 的建议先安装 nlopt，我按照以下页面中给出的说明进行操作：
http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Installation
我安装了 nlopt 如下：
./configure --enable-shared
make
make install
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/lib
当我尝试在 R 中重新安装 nloptr 时，它不再寻找 nlopt link 而是抛出以下错误：
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/opt/vertica/R/library/nloptr/libs/nloptr.so':
/opt/vertica/R/library/nloptr/libs/nloptr.so: undefined symbol: nlopt_set_maxtime
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing '/opt/vertica/R/library/nloptr'
Warning message:
In install.packages("/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz", :
installation of package '/home/ravi/nloptr_1.0.4.tar.gz' had non-zero exit status
更新 2
根据 Dirk 的建议，我查看了 ldconfig 命令并使用了以下参考资料：
http://codeyarns.com/2014/01/14/how-to-add-library-directory-to-ldconfig-cache/
我编辑了 /etc/ld.so.conf 文件，添加了包含共享库的目录 /usr/local/lib 和 运行 ldconfig 命令。这添加了相关的共享库，如下所示：
libnlopt.so.0 (libc6,x86-64) => /usr/local/lib/libnlopt.so.0
libnlopt.so (libc6,x86-64) => /usr/local/lib/libnlopt.so
但是，当我尝试重新安装 nloptr 包时，我仍然遇到相同的共享对象错误。
有人可以指导我解决共享库错误吗？
当你说 [t]他的命令依次在线查找以下文件 你只得到了一半的故事。我与实际 nloptr 包的维护者 Jelmer 一起修改了包以执行以下操作：
- 寻找安装 libnlopt 库，如果找到，使用它
- 如果未找到，则返回旧行为并下载库
所以你可以简单地通过
安装nlopt sudo apt-get install libnlopt-dev
（或等效的 sudo dpkg -i /media/.... 指向文件
USB 驱动器等 pp)，然后重新安装 nloptr 包。它会起作用的。在我的机器上：
edd@max:~$ install.r nloptr ## install.r is in littler
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/nloptr_1.0.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 353942 bytes (345 KB)
==================================================
downloaded 345 KB
* installing *source* package ‘nloptr’ ...
** package ‘nloptr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for g++... g++
checking whether the C++ compiler works... yes
checking for C++ compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ accepts -g... yes
checking how to run the C++ preprocessor... g++ -E
checking whether we are using the GNU C++ compiler... (cached) yes
checking whether g++ accepts -g... (cached) yes
checking for pkg-config... yes
configure: Now testing for NLopt header file.
[...]
checking for nlopt.h... yes
configure: Suitable NLopt library found.
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -c dummy.cpp -o dummy.o
gcc -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O3 -Wall -pipe -pedantic -std=gnu99 -c nloptr.c -o nloptr.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o nloptr.so dummy.o nloptr.o -lnlopt -lm -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/nloptr/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (nloptr)
The downloaded source packages are in
‘/tmp/downloaded_packages’
edd@max:~$
注意它是如何从找到 nlopt 安装的实际 R 包中只编译两个文件的。
我遇到了完全相同的问题，在无法直接访问 Internet 的生产机器上，使用的是 Red Hat Enterprise Linux Server 版本 6.6（圣地亚哥）。上面提出的修正没有奏效：在系统上安装 nlopt 库时，随后尝试安装 nloptr 失败并出现 "nlopt_set_maxtime" 错误。我尝试 fiddle 使用 nlopt 的编译选项，但无济于事。我什至在 Ubuntu 一台连接互联网的机器上重现了这个问题：我卸载了 nloptr，在系统上安装了 nlopt，然后 nloptr 安装失败。
最后我通过以下步骤解决了这个问题：
- 从操作系统中卸载 nlopt（确保已彻底删除）。
- 手动下载nlopt-2.4.2.tar.gz复制到/tmp/
- 手动下载nloptr_1.0.4.tar.gz到工作目录并解压；这将创建目录 "nloptr/".
编辑 "nloptr/configure"，注释掉行
$("${R_HOME}/bin/Rscript" --vanilla -e "download.file(url='${NLOPT_URL}', destfile='${NLOPT_TGZ}')")
并插入一个新行：
$("${R_HOME}/bin/Rscript" --vanilla -e "file.copy(from='/tmp/nlopt-2.4.2.tar.gz', to='${NLOPT_TGZ}')")
安装 "R CMD INSTALL nloptr"。
我想我和你有同样的问题，我使用的是 CentOS 6.5 在 R 中删除 nlopt 并使用 install.packages() 安装 nloptr，将自动安装一个 nlopt。
我在解压的 nlopt 文件夹中使用以下命令删除了已安装的 nlopt。
make uninstall
如果您曾尝试在 CentOS 中使用 epel 存储库并使用 yum 安装了 nlopt，请尝试：
yum remove nlopt
删除现有的 nlopt 后，我可以使用
安装 nloptrinstall.packages("nloptr")
我在 RHEL 7.2 实例上设置 nloptr 时遇到了同样的问题。对于使用 RHEL 的用户，您可以执行以下操作： 按相同顺序下载并安装以下 RPMS：
NLopt-2.4.2-2.el7.x86_64.rpm- https://pkgs.org/centos-7/epel-x86_64/NLopt-2.4.2-2.el7.x86_64.rpm.html
NLopt-devel-2.4.2-2.el7.x86_64.rpm - https://pkgs.org/centos-7/epel-x86_64/NLopt-devel-2.4.2-2.el7.x86_64.rpm.htm
请注意，根据您的系统配置，这些 RPM 可能需要安装其他依赖项。
Post 您可以使用 install.packages 实用程序直接安装 nloptr 或从 CRAN 下载源代码并按照之前回复中的建议从源代码安装。
希望对您有所帮助！
基兰
如果您使用的是 CentOS（并且可以访问互联网，但无法访问 nlopt 服务器），您可以先使用
安装nlopt
yum install nlopt nlopt-devel
然后就可以正常安装nloptr了
我在 Ubuntu 上遇到了类似的问题。除了将 nlopt-dev 安装为
sudo apt-get install pkg-config
希望对您有所帮助。
如果您使用的是 AWS Linux，以下内容应该对您有所帮助
yum --enablerepo=epel install NLopt-devel -y
我刚刚通过以下两个步骤在我的服务器上解决了这个问题：
- 安装
libnlopt-dev和nlopt以及
sudo apt-get install libnlopt-dev
pip install nlopt
- 使用
sudo R启动 R 并输入：
withr::with_makevars(c(PKG_LIBS='-lnlopt'),install.packages('nloptr'),assignment='+=')