如何设置已用包中已存在的通用方法？

Question

我正在修改一个S4-Class s4c，想添加一个方法index。由于 class 在我的自定义包中被广泛使用，重命名是别无选择的。所以我

setGeneric(where = environment(), name="index", 
           def=function(x,include.from=T, include.to=T) standardGeneric("index")
           )
#' @export
setMethod(
  f = "index",
  signature = "s4c",
  definition = function (x, include.from, include.to) {
...

方法有效。我的问题是我还想使用 zoo-package，其中通用函数 index 已经存在。如果我加载并附加包，我会收到消息

The following objects are masked by ‘.GlobalEnv’: index

并且，假设 z 是 class zoo 的对象，如果我输入 index(zoo) 我得到错误

Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘index’ for signature ‘"zoo"’

以前我使用更像 S3 的方法，比如

index.s4c <- function (x, include.from, include.to) {
...

它奏效了。但我想避免这种情况以获得 'pure' S4-class。我尝试通过 where = environment() 使用本地环境无效。如何处理？

非常感谢，米卡

Answer 1

使用 setGeneric 创建一个 S4 泛型 index，它使用 S3 泛型作为默认值，如下面标记为 ### 的行所示。然后通过使用组件 x 和该 class 的对象创建一个新的 class "A" 来测试它：

library(zoo)

setGeneric("index") ###

# test it out

setClass("A", representation(x = "numeric"))
setMethod("index", "A", function(x) x@x)
a <- new("A", x = 99)
index(a)      # index works on an object of our new class A
## [1] 99


z <- zoo(100) # zoo object with value 100 and index 1
index(z)      # index still works on zoo objects
## [1] 1

如何设置已用包中已存在的通用方法？

How to set a generic method which already exists in a used package?

r

oop

s4