安装 Bioconductor 包自动化
Install Bioconductor packages automation
我正在尝试通过 R 脚本在我的 Ubuntu 16.04 上自动安装 Bioconductor 及其不同的包。
但是，每次安装都需要交互说-y，是的我要安装它和-a 更新所有。
有没有办法自动安装？类似于 shell 的 -y 或 yes |是的。
#!/usr/bin/Rscript
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("GenomicRanges")
biocLite("BiocGenerics")
biocLite("rtracklayer")
可以通过以下方式获得 biocLite 函数的帮助：
?biocLite
它会显示 ask 参数以跳过所有问题。
biocLite(ask = FALSE)
我正在尝试通过 R 脚本在我的 Ubuntu 16.04 上自动安装 Bioconductor 及其不同的包。 但是，每次安装都需要交互说-y，是的我要安装它和-a 更新所有。 有没有办法自动安装？类似于 shell 的 -y 或 yes |是的。
#!/usr/bin/Rscript
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("GenomicRanges")
biocLite("BiocGenerics")
biocLite("rtracklayer")
可以通过以下方式获得 biocLite 函数的帮助：
?biocLite
它会显示 ask 参数以跳过所有问题。
biocLite(ask = FALSE)