解决一次更新多个包时的 "cannot remove prior installation of package" 错误

Addressing the "cannot remove prior installation of package" error when updating multiple packages at once

这是一个反复出现的问题，例如

这个问题我遇到过很多次了。最烦人的是当它出现在一堆包中时；例如我做了类似 

update.packages(ask = FALSE)

并得到一些这样的错误。但是这个错误具有误导性，因为 R 倾向于 实际上删除 旧的包版本---但随后不安装新版本。一旦发生这种情况，您无法使用 update.packages 修复它；你必须从头开始重新安装它。

这个问题最令人沮丧的方面是它经常在安装 dependencies 时发生，例如我可能会成功更新 dplyr，但在此过程中 Rcpp 被删除了。现在我无法加载 dplyr 因为 Rcpp 丢失了，所以我需要重新安装 Rcpp.

我当前的解决方法（当卸载的包数量很大时）是关闭我的所有 R 会话，使用基本 R GUI（即不是 RStudio 或 RTVS）打开一个新会话并执行 

lapply(dir(.libPaths()), install.packages)

这会重新安装我的整个库。这太过分了。

有没有更好的方法来检查 .libPaths() 中的哪些文件夹实际包含软件包，以便我只重新安装丢失的软件包？

或者：是否有更好的方法来检查丢失的包依赖项？

一个策略是做

setdiff(dir(.libPaths()), .packages(all = TRUE))

获取库中似乎实际上不包含包的目录列表。现在我要重新安装的软件包列表要少得多。

我不确定它是否万无一失，但总比重新安装我的整个库要好。