重复调用 C 函数会导致 R 崩溃 - 如何分配内存？

Question

如果我重复调用 C 函数（从 R），我会遇到 R 崩溃。

我是编写 C 函数的新手，我认为我遇到的 R 崩溃问题是 C 中的内存分配。我知道可以释放 C 中的内存，但我不知道如何确切地以及在哪些参数上。有人可以帮我吗？

我将在这里 post 一个工作示例，并在最后再次 issue/question。

这是 C 代码（致谢：该代码基于 Marteen Speeklenbrink (https://github.com/rforge/mcplr) 的 mcplr 包的代码。

#include <Rmath.h>

void gcmval(int *y, int *ny, double *x, int *nx, double *v, double *p, int *bt, int *et, double *w, double *r, double *q, double *lambda, double *theta, double *dist, double *sim, double *val, double *vpred, double *ypred)
{
  double syp = 0.0;
  double svp = 0.0;

  for(int t=*bt; t < *et; t++) {
    for(int j=0; j < *ny; j++) sim[j] = 0.0;
    svp = 0.0;
    for(int tt=*bt-1; tt < t; tt++) {
      dist[tt] = 0.0;
      for(int i=0; i < *nx; i++) {
        dist[tt] += w[i] * pow( fabs(x[i + tt * *nx] - x[i + t * *nx ]),    *r);
        }
      dist[tt] = pow(dist[tt], *q / *r);
      val[tt] = exp(-1 * *lambda *dist[tt]) * v[tt];
      for(int j=0; j < *ny; j++) {
        if(y[j + tt * *ny] == 1) sim[j] += exp(-1 * *lambda * dist[tt]);
      }
      svp += val[tt];           
      }
    syp = 0.0;
    for(int j=0; j < *ny; j++) {
        syp   += sim[j];
      }
    vpred[t] = svp / syp;
    ypred[t] = 1.0 / (1.0 + exp(-1 * *theta * (vpred[t] - p[t])));
  }
}

R代码 这是一个工作示例，它使用我们刚刚在 R 中的 C 中定义的函数。如果我反复调用对 .C 的调用，R 将崩溃（在 Windows 10 上）。需要反复调用，不知道内存怎么分配。

if(.Platform$OS.type == "windows"){
    dyn.load("gcmval.dll")
} else if(.Platform$OS.type %in% c("mac","unix")){
    dyn.load("gcmval.so")
}

# Some fake input data
dt <- data.table(f1      = c(1,1,0,0,1,0),
                 f2      = c(1,1,0,0,1,0),
                 f3      = c(1,1,0,0,0,1),
                 choices = c(0,0,1,1,0,1),
                 prices  = c(1,1,3,3,2,2),
                 values  = c(.9,.9,3.1,3.1,1.5,2.5))

# Next lines just prepare the variables for the C-function   
   y <- rbind(t(dt$choices), 1-t(dt$choices))
   x <- t(dt[,1:3])
   w <- rep(1/3,3)
   v <- dt$values
   p <- dt$prices
   nx       <- nrow(x)
   ny       <- nrow(y)
   nt       <- ncol(x)
   bt       <- 1
   et       <- nt
   lambda   <- 1
   theta    <- 1
   r        <- 1
   q        <- 1
   pv   <- vector("double", length = nt)
   py   <- vector("double", length = nt)
   val  <- vector("double",length=nt)
   dist <- vector("double",length=nt)
   sim  <- vector("double",length=ny)
   val  <- vector("double",length=ny)

# Run this code repeatedly, it crashes R
   tmp <- .C("gcmval",
         y=as.integer(y), 
         ny=as.integer(ny), 
         x=as.double(x), 
         nx=as.integer(nx),
         v=as.double(v),
         p=as.double(p), 
         bt=as.integer(bt),
         et=as.integer(et), 
         w=as.double(w), 
         r=as.double(r), 
         q=as.double(q), 
         lambda=as.double(lambda), 
         theta=as.double(theta), 
         dist=as.double(dist), 
         sim=as.double(sim),
         val=as.double(val),
         vpred=as.double(pv), 
         ypred=as.double(py)
      )

我认为R_alloc是我的朋友，但我无法应用它。

如果有人能帮助我大致了解 introduction/explanation 如何准确使用 R_alloc 函数，我将非常高兴（编写 r 扩展教程中有一些神秘的示例，但我可以不解析它们），或内存分配如何工作的任何一般解释（对于熟悉 R 但自学成才的程序员）。

提前感谢您的帮助 /贾娜

Answer 1

问题是您将向量 val 定义了两次：

val  <- vector("double",length=nt)
dist <- vector("double",length=nt)
sim  <- vector("double",length=ny)
val  <- vector("double",length=ny)

在第二个定义中，长度不正确，因为 val 必须与 dist 具有相同的长度，而不是 sim。如果我删除第二个定义，崩溃就会消失。

我觉得很有意思，就是重复调用才触发崩溃。我可以通过调用 tmp 或 gc().

立即触发它

重复调用 C 函数会导致 R 崩溃 - 如何分配内存？

Repeated call to C function crashes R - how to allocate memory?

c

crash

memory-management

r