将 SOMbrero 包中的集群和节点添加到训练数据中

Question

我正在玩SOMbrero package. I would like to attach the cluster numbers created like so (taken from here):

my.sc <- superClass(iris.som, k=3)

SOM 节点的 X 和 Y 坐标到训练数据集。

在我使用 kohonen 包的一些代码中，我创建了这样的集群：

range01 <- function(x){(x-min(x))/(max(x)-min(x))}

ind <- sapply(SubsetData, is.numeric)
SubsetData[ind] <- lapply(SubsetData[ind], range01)

TrainingMatrix <- as.matrix(SubsetData)

GridDefinition <- somgrid(xdim = 4, ydim = 4, topo = "rectangular", toroidal = FALSE)

SomModel <- som(
    data = TrainingMatrix,
    grid = GridDefinition,
    rlen = 10000,
    alpha = c(0.05, 0.01),
    keep.data = TRUE
)

nb <- table(SomModel$unit.classif)
groups = 5
tree.hc = cutree(hclust(d=dist(SomModel$codes[[1]]),method="ward.D2",members=nb),groups)

plot(SomModel, type="codes", bgcol=rainbow(groups)[tree.hc])

add.cluster.boundaries(SomModel, tree.hc)
result <- OrginalData
result$Cluster <- tree.hc[SomModel$unit.classif]
result$X <- SomModel$grid$pts[SomModel$unit.classif,"x"]
result$Y <- SomModel$grid$pts[SomModel$unit.classif,"y"]

write.table(result, file = "FinalData.csv", sep = ",", col.names = NA, quote = FALSE)

PS:

可以找到一些使用 iris 数据集的示例代码 here。

PPS:

我试了一下上面引用的 iris 代码，认为我已经设法提取了集群、节点 ID 和原型（请参见下面的代码）。缺少的是坐标 X 和 Y。我认为它们在这里：

iris.som$parameters$the.grid$coord

代码：

library(SOMbrero)

set.seed(100)
setwd("D:\RProjects\Clustering")

#iris.som <- trainSOM(x.data=iris[,1:4],dimension=c(10,10), maxit=100000, scaling="unitvar", radius.type="gaussian")
iris.som <- trainSOM(x.data=iris[,1:4],dimension=c(3,3), maxit=100000, scaling="unitvar", radius.type="gaussian")

# perform a hierarchical clustering
## with 3 super clusters
iris.sc <- superClass(iris.som, k=3)
summary(iris.sc)

# compute the projection quality indicators
quality(iris.som)

iris1 <- iris
iris1$Cluster = iris.sc$cluster[iris.sc$som$clustering]
iris1$Node = iris.sc$som$clustering
iris1$Pt1Sepal.Length = iris.sc$som$prototypes[iris.sc$som$clustering,1]
iris1$Pt2Sepal.Width = iris.sc$som$prototypes[iris.sc$som$clustering,2]
iris1$Pt3Petal.Length = iris.sc$som$prototypes[iris.sc$som$clustering,3]
iris1$Pt4Petal.Width = iris.sc$som$prototypes[iris.sc$som$clustering,4]

write.table(iris1, file = "Iris.csv", sep = ",", col.names = NA, quote = FALSE)

Answer 1

我不确定我是否做对了但是：

iris.som$parameters$the.grid 包含簇的坐标（它是一个两列数组，在映射 space 中具有 x 和 y 坐标）

所以我认为你想要做的是

out.grid <- iris.som$parameters$the.grid$coord
out.grid$sc <- iris.sc$clustering

并导出 out.grid（三列数组）。 iris.sc$som$prototypes 包含集群原型的坐标，但在原始 space 中（四维 space，其中 iris 数据集采用其值。

Answer 2

我想我已经使用 iris 示例解决了这个问题（请 correct/improve 代码！- 我不精通 R）：

library(SOMbrero)

set.seed(100)
setwd("D:\RProjects\SomBreroClustering")

iris.som <- trainSOM(x.data=iris[,1:4],dimension=c(5,5), maxit=10000, scaling="unitvar", radius.type="letremy")

# perform a hierarchical clustering
# with 3 super clusters
iris.sc <- superClass(iris.som, k=3)
summary(iris.sc)

# compute the projection quality indicators
quality(iris.som)

iris1 <- iris
iris1$Cluster = iris.sc$cluster[iris.sc$som$clustering]
iris1$Node = iris.sc$som$clustering
iris1$Pt1Sepal.Length = iris.sc$som$prototypes[iris.sc$som$clustering,1]
iris1$Pt2Sepal.Width = iris.sc$som$prototypes[iris.sc$som$clustering,2]
iris1$Pt3Petal.Length = iris.sc$som$prototypes[iris.sc$som$clustering,3]
iris1$Pt4Petal.Width = iris.sc$som$prototypes[iris.sc$som$clustering,4]
iris1$X = iris.som$parameters$the.grid$coord[iris.sc$som$clustering,1]
iris1$Y = iris.som$parameters$the.grid$coord[iris.sc$som$clustering,2]

write.table(iris1, file = "Iris.csv", sep = ",", col.names = NA, quote = FALSE)

Answer 3

I think my answer captures the requirements. Adding the node ids, x + y coordinates, cluster and prototypes to the original data. Would you agree.

是:)

将 SOMbrero 包中的集群和节点添加到训练数据中

add clusters and nodes from SOMbrero package to training data

r

self-organizing-maps