使用 model.matrix 函数设计基因表达矩阵

Question

需要一些帮助。我的数据如下所示：

Identifier    Sample1    Sample2   Sample3 ...Sample10
Gene1          10.85       9.33      11.04 ... 10.093
Gene2          5.94        7.95      6.46  ... 6.33
...
Gene99         3.93        4.12      7.86  ... 9.45

样本1到4正常，5到10异常

数据存储在一个名为DF的数据框中。需要使用 model.matrix 函数创建设计矩阵，想法是使用此信息来拟合线性模型，以便能够识别差异基因。

我不知道如何创建设计矩阵。我已经阅读了文档，但它无处可去。该函数的语法似乎并不适合我所拥有的格式。

如有任何提示，我们将不胜感激。

Answer 1

你需要这样的东西

disease <- factor(rep(c(1,2),c(4,6)))
levels(disease) <- c("normal","abnormal")
design <- model.matrix(~disease)

您是否尝试阅读 limma User's Guide？有很多例子：

使用 model.matrix 函数设计基因表达矩阵

Design Matrix using model.matrix function for gene expression

r

bioinformatics

model.matrix

limma