在读取本地文件的 r 中使用 reprex 包创建可重现的示例

Question

我经常使用 reprex::reprex 创建可重现的 R 代码示例，以从其他人那里获得帮助以消除我的代码中的错误。通常，我使用 iris 或 mtcars 等数据集创建最小示例，并且效果很好。但是每当我需要使用我的 自己的 数据时，我总是无法使用 reprex，因为问题非常具体，我不能依赖 datasets 的数据集图书馆。

在那种情况下，我得到以下错误：

# loading needed libraries
library(ggplot2)
library(cowplot)
library(devtools)

# reading the datafile
data <- utils::read.csv(file = "data.csv")
#> Warning in file(file, "rt"): cannot open file 'data.csv': No such file or
#> directory
#> Error in file(file, "rt"): cannot open the connection

由 reprex package (v0.2.0) 创建于 2018-02-19。

reprex 之前的时代在其他地方 (How to make a great R reproducible example?) 进行了很好的讨论。作者建议使用 dput-

之类的东西

If you have some data that would be too difficult to construct using these tips, then you can always make a subset of your original data, using eg head(), subset() or the indices. Then use eg. dput() to give us something that can be put in R immediately

而且还提到-

If your data frame has a factor with many levels, the dput output can be unwieldy because it will still list all the possible factor levels even if they aren't present in the subset of your data.

所以，如果我想使用我的完整数据集，这不是一个好的选择。

总结：

有谁知道如何创建独立的 reprex，即使它依赖于使用包含所有数据的本地文件？

Answer 1

默认情况下，reprex 强烈鼓励在会话临时目录中执行。但有时不可避免地要引用特定的本地文件，所以是的，必须有办法做到这一点。

要请求在当前工作目录中完成所有工作，请设置outfile = NA。（更一般地说，您可以使用 outfile 参数来指定基本文件名和路径。）

如果我提交此 reprex，并将工作目录设置为我的主目录：

reprex({
  getwd()
  writeLines(c("V1,V2","a,b"), "precious_data.csv")
  list.files(pattern = "*.csv")
  read.csv("precious_data.csv")
  },
  outfile = NA,
  venue = "so"
)

我得到这个输出：

getwd()
#> [1] "/Users/jenny"
writeLines(c("V1,V2","a,b"), "precious_data.csv")
list.files(pattern = "*.csv")
#> [1] "precious_data.csv"
read.csv("precious_data.csv")
#>   V1 V2
#> 1  a  b

^{由 reprex package (v0.2.1)}

创建于 2018-09-19

使用 outfile = NA 或 outfile = "path/to/desired/file/base" 是控制 reprex().

生成的所有文件位置的通用模式

在读取本地文件的 r 中使用 reprex 包创建可重现的示例

creating reproducible example using reprex package in r where a local file is being read

r

tidyverse

reproducible-research

reprex