ggraph R中节点的具有特定比例的线性图

Question

我正在尝试使用出色的 ggraph 库来描绘一些非常难以描绘科学作品的相互关系。具体来说，我想展示基因位点中的 SNP-SNP 相互作用。如果我将相互作用绘制为图形的弯曲节点，那将是非常好的，其中 SNP 根据其遗传位置以线性方式定位。 ggraph 库中的 geom_edge_arc() 美学将是理想的。但是，我无法根据位置对节点进行排序。

这是一个例子

library(igraph)
library(tidyverse)
library(ggraph)

set.seed(10)
nodes <- tibble(nodes = paste("SNP",seq(1:10)), pos = sample(c(10000:20000),10))
edges <- expand.grid(nodes$nodes,nodes$nodes) %>% 
              mutate(interaction = rnorm(100)) %>%
              filter(abs(interaction)>1)

gr <- graph_from_data_frame(edges, vertices = nodes)

ggraph(gr, 'linear', circular=F) +
  geom_edge_arc(aes(edge_width=interaction))

节点在这里均匀分布，如"factors"。但是，我想将它们放置在 pos 变量指定的 x 坐标上（这又成为节点的一个属性）。将 + geom_node_point(aes(x=pos)) 添加到 ggplot 对象不会导致正确的渲染。我可能也可以用 "basic" ipgraph 来绘图，但我喜欢 ggraph 和 ggplot2，用它来绘图是一种优雅而简单的方法。

谨致问候，并提前致谢，

罗伯特

Answer 1

不确定这是否仍然相关，但有两种方法可以解决这个问题。

如@axeman 所述，您可以使用 manual 布局，并基本上将 x 和 y 坐标传递给它：

ggraph(gr, 
       layout = 'manual', 
       node.position = data_frame(y = rep(0, length(nodes$pos)), x = nodes$pos)) +
  geom_edge_arc(aes(edge_width=interaction))

另一种方法是覆盖 geom_edge_arc 中的 x aes。为了能够将节点属性传递给 aes 我们需要使用 geom_edge_arc2:

ggraph(gr, 'linear', circular=F) +
  geom_edge_arc2(aes(edge_width=interaction, x = node.pos))

由 reprex package (v0.2.0) 创建于 2018-05-30。

ggraph R中节点的具有特定比例的线性图

linear graph with specific scale for nodes in ggraph R

r

ggplot2

tidyverse

ggraph