xarray

Question

我正在使用 xarray 将文本文件转换为 netCDF 格式。当我使用 netCDF4 格式和 Python3 时，它将字符串变量存储为字符串，但当我使用 Python2 时，它将它们存储为 n 维字符数组。我试图在编码中设置 dtype='str' ，但没有任何区别。有没有办法使用 Python2 使这些变量具有字符串数据类型？如有任何想法，我们将不胜感激。

这是我的代码：

import pandas as pd
import xarray as xr

column_names = ['timestamp', 'air_temp', 'vtempdiff', 'rh', 'pressure', 'wind_dir', 'wind_spd']

df = pd.read_csv(args.input_file, skiprows = 1, header=None, names = column_names)
ds = xr.Dataset.from_dataframe(df)

encoding = {'timestamp': {'dtype': 'str'},
            'air_temp': {'_FillValue': 9.96921e+36, 'dtype': 'f4'}
            }

ds.to_netcdf(op_file.nc, format = 'NETCDF4', unlimited_dims={'time':True}, encoding = encoding)

当我使用 Python3.6 执行 op_file.nc 的 ncdump 时，我得到：

netcdf op_file {
dimensions:
    time = UNLIMITED ; // (24 currently)
variables:
    string timestamp(time) ;
    float air_temp(time) ;
    .
    .
    .

当我使用 Python2.7 时，我得到：

netcdf op_file {
dimensions:
    time = UNLIMITED ; // (24 currently)
    string20 = 20 ;
variables:
    char timestamp(time, string20) ;
        timestamp:_Encoding = "utf-8" ;
    float air_temp(time) ;
    .
    .
    .

示例输入文件如下所示：

# Fields: stamp,AGO-4.air_temp,AGO-4.vtempdiff,AGO-4.rh,AGO-4.pressure,AGO-4.wind_dir,AGO-4.wind_spd
2016-11-30T00:00:00Z,-36.50,,56.00,624.60,269.00,5.80
2016-11-30T01:00:00Z,-35.70,,55.80,624.70,265.00,5.90

Answer 1

Xarray 将 Python 2 的 str/bytes 类型映射到 NetCDF 的 NC_CHAR 类型。这两种类型都表示单字节字符数据（通常是 ASCII），因此这具有一定的意义。

要获取 netCDF 字符串 NC_STRING，您需要传递 unicode 数据（str on Python 3）。您可以通过使用 .astype(unicode) 或通过在 encoding.

中传递 {'dtype': unicode} 将时间戳列显式强制为 unicode 来获得此信息

xarray - 将字符串存储为 'string' 数据类型而不是 'char'（n 维字符数组）Python2.7

xarray - store strings as 'string' data-type instead of 'char' (n-dimensional character arrays) for Python2.7

python

netcdf

python-xarray

netcdf4