Python

Question

我正在利用 python 到运行顶级遗传算法，使用 OpenFOAM 优化 3D 飞机机翼几何形状以获得空气动力学性能。我是运行ning Ubuntu 16.04、Python 3.6 和 OpenFOAM 5。我写了几个驻留在 OpenFOAM 案例目录（包含几何 STL 文件的目录）中的 shell 脚本、流体动力学参数和网格）。这些脚本执行重复的文件管理命令和 OpenFOAM 并行过程分解程序，以及生成 3D 网格和运行模拟的命令。 python 脚本应该完全位于不同的目录中，因为数百个（如果不是数千个）这些案例文件夹将作为遗传算法的后代生成。问题是使用 os.subprocess 调用这些 shell 脚本似乎会为脚本中的每个命令生成和终止 shell。例如，如果我的代码是（简短版）：

#!/bin/bash
rm constant/polyMesh/*
rm constant/triSurface/*.eMesh
rm -rf 0.*
find -type d -name '*e-0*' -exec rm -r {} +
decomposePar (OpenFOAM utility)

我用以下命令调用所述脚本：

subprocess.Popen(['./shellScript'],cwd=r'./pathToDirectory')

我最终得到错误：

./shellScript: line #: decomposePar no such file or directory

如果 shell 试图在 case 目录以外的目录中执行 decomposePar（它应该顺利执行），我可以看到这种情况发生的唯一方法。对于案例管理命令，似乎只有第一个命令有效。我已经抓取了堆栈溢出来解决这个问题，但我不确定我是否找到了一个。我尝试使用 os.chdir('casePath') 设置 python 脚本的工作目录，设置 cwd='casePath'，以及其他几个我不太明白的 subprocess 参数！

我知道我可以将每个 shell 命令转录成 Python，但我发现由于 shell 命令的数量和更改的可能性，这将非常乏味将来这些 shell 脚本。我希望我的方法是模块化的并且足够健壮运行只有几个我可以根据需要修改的脚本。此外，在一天结束时，这个程序将被部署到一台超级计算机上。并行处理将发生在 OpenFOAM 的 C++ 级别，而不是 python，所以这不是我关心的问题之一。有什么办法可以做到这一点，我是否遗漏了一些非常明显的东西？请原谅我，因为计算机科学不是我的强项，我是一名航空航天工程师。谢谢！

Answer 1

TL;DR：在 shell 脚本开始时从 OpenFOAM 安装获取 bashrc。

在对 OP 进行了一些挖掘之后，问题最初是包含 decomposePar 的目录不在 PATH 环境变量中。

除非你的PATH中有.（这很危险，不要这样做），将当前目录更改为目录不会对查找decomposePar有任何影响。在 shell 脚本中添加 decomposePar 的完整路径允许 decomposePar 为运行.

示例：

#!/bin/bash
rm constant/polyMesh/*
rm constant/triSurface/*.eMesh
rm -rf 0.*
find -type d -name '*e-0*' -exec rm -r {} +
/full/path/to/decomposePar

但是，当处于运行时，它无法加载所需的共享库，因为 OpenFOAM 共享库目录不在 LD_LIBRARY_PATH 环境变量中。为了解决这个问题，OpenFOAM bashrc 文件是在脚本开头获取的。

示例：

#!/bin/bash
source /path/to/bashrc
rm constant/polyMesh/*
...

排序此文件正确设置 PATH 和 LD_LIBRARY_PATH 环境变量。

Python - 使用 os.subprocess 调用带有嵌套命令的 shell 脚本

Python - using os.subprocess to call a shell script with nested commands

shell

subprocess

openfoam