R 中的随机网络图

Question

我正在执行下面的代码以在 R 中创建一个 ER 随机网络（6301 个节点，20777 个边）以将其与给定的有向网络进行比较，但是当我绘制它时，它看起来一点也不像随机网络（不是arrows/lines 随便）！

library(igraph)


rayyan <- erdos.renyi.game(6301,20777, type="gnm",directed = TRUE)

#plot graph
plot(rayyan)

# print degree
degree(rayyan)

# normalised degree distribution
plot(degree.distribution(rayyan), xlab="node degree")

transitivity(rayyan)

感谢您的帮助

Answer 1

这里主要有两个问题。

您的图表布局不当无法显示和
你的图表太忙了，你不会看到太多。

由于您没有设置种子，我们无法准确重现您得到的图表。我将使用特定的随机种子重新创建图表，以制作可重现的示例。

set.seed(1234)
rayyan <- erdos.renyi.game(6301,20777, type="gnm",directed = TRUE)
plot(rayyan)

我什么也看不见。部分地，不成比例的图形区域用于将九个单个节点与其余节点分开。我们可以通过省略这些节点来做得更好。我们可以减少边距，去掉节点标签并使箭头更小，以将更多内容挤入可用的小 space 中。

Single = c(354,437,593,1585,1635,2405,4705,5341, 5818)
rayyan2 = induced_subgraph(rayyan, V(rayyan)[-Single])
plot(rayyan2,vertex.size=3, vertex.label=NA,
     edge.arrow.size = 0.3, margin=-0.25)

至少，你现在可以看到它是一个图，但是有6292个节点和20777条边，非常拥挤，很难看清。 space.

的内容太多了

R 中的随机网络图

Random Network Graphs in R

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