OWLAPI 缓慢计算不相交的公理

Question

我的目标：在包含大约 5000 个公理的 ontology 中找到不相交的公理（断言和推断）。

我的代码：

for (OWLClass clazz1 : ontology.getClassesInSignature()) {
    for (OWLClass clazz2 : ontology.getClassesInSignature()) {
        OWLAxiom axiom = MyModel.factory.getOWLDisjointClassesAxiom(clazz2, clazz1);
            if(  !(ontology.containsAxiom(axiom)) && reasoner.isEntailed(axiom))
            {
                System.out.println(clazz2.toString() + " disjoint with " + clazz1.toString());
            }

问题：执行时间非常慢，我想说是永恒的。即使我减少了一些if语句的比较次数，情况还是一样。

Protege 似乎可以非常快速地计算这些推断的公理，它基于我正在使用的相同 API (OWLAPI)。那么，我的方法有误吗？

Answer 1

分析代码很可能会发现慢的部分是

reasoner.isEntailed(axiom)

此形式要求推理器重新计算每个 class 对的蕴含，包括 clazz1 和 clazz2 相等的对（您可能想跳过它）。

或者，您可以遍历签名中的 classes 一次，然后使用推理器获取所有不相交的 classes:

Set<OWLClass> visited=new HashSet<>();
for (OWLClass c: ontology.getClassesInSignature()) {
  if (visited.add(c)) {
    NodeSet set = reasoner.getDisjointClasses(c);
    for (Node node: set.getNodes()) {
        System.out.println("Disjoint with "+c+": "+node);
        visited.addAll(node.getEntities());
    }
  }
}

最坏的情况，这将对每个 class 进行一次推理调用（因为没有 class 是不相交的）。最好的情况，所有 classes 都不相交或等同于另一个 class，因此只需要一个推理机调用。

OWLAPI 缓慢计算不相交的公理

OWLAPI slow calculating disjoint axioms

owl-api