如何转置 big.matrix 对象？

Question

如何对 big.matrix 对象进行转置？

我有一个 8000 x 8000 big.matrix 的对象，我需要执行转置和乘法。怎么做？

b <- as.big.matrix(basis)

bTransb <- t(b) %*% b

这给了我以下错误

Error in t.default(b) : argument is not a matrix

我导入了大代数库。还是行不通。

Answer 1

我不确定 {bigmemory}，但您可以使用 {bigstatsr}（免责声明：我是作者），它使用类似的格式。

# Sample data
a <- matrix(0, 8000, 8000); a[] <- rnorm(length(a))
# devtools::install_github("privefl/bigstatsr")
library(bigstatsr)
b <- as_FBM(a)
class(b)
btrans <- big_crossprodSelf(b)
dim(btrans)
class(btrans)
# Verification
all.equal(btrans[], crossprod(b[]))

如何转置 big.matrix 对象？

How to take transpose of a big.matrix object?

r

matrix

bigdata

r-bigmemory