sparklyr spark_read_parquet 将字符串字段作为列表读取

Question

我有许多 Hive 格式的 parquet 文件，其中包含 string 和 double 列.我可以使用以下语法将它们中的大部分读入 sparklyr 的 Spark 数据帧中：

spark_read_parquet(sc, name = "name", path = "path", memory = FALSE)

但是，我读了一个文件，其中所有 string 值都转换为无法识别的列表，当收集到 R 数据帧并打印时看起来像这样：

s_df <- spark_read_parquet(sc, 
                           name = "s_df", 
                           path = "hdfs://nameservice1/user/hive/warehouse/s_df", 
                           memory = FALSE)
df <- collect(s_df)
head(df)

# A tibble: 11,081 x 13
   provid   hospital_name servcode  servcode_desc codegroup claimid  amountpaid
   <list>   <list>        <list>    <list>        <list>    <list>        <dbl>
 1 <raw [8… <raw [32]>    <raw [5]> <raw [25]>    <raw [29… <raw [1…       7.41
 2 <raw [8… <raw [32]>    <raw [5]> <raw [15]>    <raw [22… <raw [1…       4.93
 3 <raw [8… <raw [32]>    <raw [5]> <raw [28]>    <raw [22… <raw [1…       5.36
 4 <raw [8… <raw [32]>    <raw [5]> <raw [28]>    <raw [30… <raw [1…       5.46
 5 <raw [8… <raw [32]>    <raw [5]> <raw [16]>    <raw [30… <raw [1…       2.80

df 前 5 行的 hospital_name 应为 METHODIST HOSPITAL OF SOUTHERN CALIFORNIA，但结果如下：

head(df$hospital_name)

[[1]]
 [1] 48 45 4e 52 59 20 4d 41 59 4f 20 4e 45 57 48 41 4c 4c 20 4d 45 4d 4f 52 49
[26] 41 4c 20 48 4f 53 50

[[2]]
 [1] 48 45 4e 52 59 20 4d 41 59 4f 20 4e 45 57 48 41 4c 4c 20 4d 45 4d 4f 52 49
[26] 41 4c 20 48 4f 53 50

[[3]]
 [1] 48 45 4e 52 59 20 4d 41 59 4f 20 4e 45 57 48 41 4c 4c 20 4d 45 4d 4f 52 49
[26] 41 4c 20 48 4f 53 50

[[4]]
 [1] 48 45 4e 52 59 20 4d 41 59 4f 20 4e 45 57 48 41 4c 4c 20 4d 45 4d 4f 52 49
[26] 41 4c 20 48 4f 53 50

[[5]]
 [1] 48 45 4e 52 59 20 4d 41 59 4f 20 4e 45 57 48 41 4c 4c 20 4d 45 4d 4f 52 49
[26] 41 4c 20 48 4f 53 50

我尝试了以下解决方案，但没有用：

head(df %>% mutate(hospital_name = as.character(hospital_name)))

[1] "as.raw(c(0x48, 0x45, 0x4e, 0x52, 0x59, 0x20, 0x4d, 0x41, 0x59, 0x4f, 0x20, 0x4e, 0x45, 0x57, 0x48, 0x41, 0x4c, 0x4c, 0x20, 0x4d, 0x45, 0x4d, 0x4f, 0x52, 0x49, 0x41, 0x4c, 0x20, 0x48, 0x4f, 0x53, 0x50))"
[2] "as.raw(c(0x48, 0x45, 0x4e, 0x52, 0x59, 0x20, 0x4d, 0x41, 0x59, 0x4f, 0x20, 0x4e, 0x45, 0x57, 0x48, 0x41, 0x4c, 0x4c, 0x20, 0x4d, 0x45, 0x4d, 0x4f, 0x52, 0x49, 0x41, 0x4c, 0x20, 0x48, 0x4f, 0x53, 0x50))"
[3] "as.raw(c(0x48, 0x45, 0x4e, 0x52, 0x59, 0x20, 0x4d, 0x41, 0x59, 0x4f, 0x20, 0x4e, 0x45, 0x57, 0x48, 0x41, 0x4c, 0x4c, 0x20, 0x4d, 0x45, 0x4d, 0x4f, 0x52, 0x49, 0x41, 0x4c, 0x20, 0x48, 0x4f, 0x53, 0x50))"
[4] "as.raw(c(0x48, 0x45, 0x4e, 0x52, 0x59, 0x20, 0x4d, 0x41, 0x59, 0x4f, 0x20, 0x4e, 0x45, 0x57, 0x48, 0x41, 0x4c, 0x4c, 0x20, 0x4d, 0x45, 0x4d, 0x4f, 0x52, 0x49, 0x41, 0x4c, 0x20, 0x48, 0x4f, 0x53, 0x50))"
[5] "as.raw(c(0x48, 0x45, 0x4e, 0x52, 0x59, 0x20, 0x4d, 0x41, 0x59, 0x4f, 0x20, 0x4e, 0x45, 0x57, 0x48, 0x41, 0x4c, 0x4c, 0x20, 0x4d, 0x45, 0x4d, 0x4f, 0x52, 0x49, 0x41, 0x4c, 0x20, 0x48, 0x4f, 0x53, 0x50))"

我感谢任何帮助解决问题或提供任何建议以使我的请求更清楚。谢谢。

Answer 1

一个 reprex 会更好（只是为了 df）例如使用 dput(head(df)) 并将结果粘贴到此处。尝试以下操作：

df %>% mutate(hospital_name = unlist(lapply(hospital_name, function(e) rawToChar(e))))

Answer 2

要解决问题，请在读取 parquet 文件之前为 Spark 会话配置设置 spark.sql.parquet.binaryAsString 属性：

sc$config$spark.sql.parquet.binaryAsString = TRUE

REMARK：在我的例子中，结果是由于 IMPALA 中的 INSERT 而创建的镶木地板文件包含 "character fields"，描述为 "binary" 而不是 "binary UTF8".在这种情况下，另一种解决方案是在插入数据之前在 impala-shell 中设置 PARQUET_ANNOTATE_STRINGS_UTF8：

> set PARQUET_ANNOTATE_STRINGS_UTF8=1;
PARQUET_ANNOTATE_STRINGS_UTF8 set to 1

sparklyr spark_read_parquet 将字符串字段作为列表读取

sparklyr spark_read_parquet Reading String Fields as Lists

r

hive

spark-dataframe

parquet

sparklyr