R design.matrix 问题 -- 在设计矩阵中删除了列？

Question

我在尝试设置设计矩阵以对 RNAseq 数据进行下游成对差异表达分析时遇到了一个奇怪的问题。 对于设计矩阵，我有捐助者信息和每个条件：

group<-factor(y$samples$group) #44 samples, 6 different conditions
sample<-factor(y$samples$samples) #44 samples, 11 different donors.
design<- model.matrix(~0+sample+group)
head(design)

      Donor11.CD8    Donor12.CD8    Donor14.CD8   Donor15.CD8   Donor16.CD8
1             1             0             0             0             0
2             1             0             0             0             0
3             1             0             0             0             0
4             1             0             0             0             0
5             1             0             0             0             0
6             1             0             0             0             0
       Donor17.CD8    Donor18.CD8   Donor19.CD8    Donor20.CD8   Donor3.CD8
1             0             0             0             0            0
2             0             0             0             0            0
3             0             0             0             0            0
4             0             0             0             0            0
5             0             0             0             0            0
6             0             0             0             0            0
        Donor4.CD8        Treatment2         Treatment3  Treatment4 Treatment5
1            0                  0                  0           0             0
2            0                  0                  0           0             1
3            0                  0                  0           1             0
4            0                  0                  0           0             0
5            0                  0                  1           0             0
6            0                  1                  0           0             0
        Treatment6
1             1
2             0
3             0
4             0
5             0
6             0
> 

问题是当我形成设计矩阵时，我似乎正在失去一个条件（治疗 1），我不确定为什么。

非常感谢您的帮助！

Answer 1

这不是问题。对于设计矩阵中的列，处理 1 由全 0 指示。查看第 4 行 - 治疗 2 到 6 为零。这意味着它是治疗 1。这称为 "treatment contrast"，因为模型中的系数将命名治疗与 "base" 水平进行对比，在这种情况下基础级别是治疗1。