在 R 中保留属于集群的观察

Question

鸢尾花数据集的简单示例。我必须使用 apcluster library

library("apcluster")

#use dist() create a negative SimilarityMatrix
sim<-negDistMat(iris[,1:4],r=2)

#run the clusteralgorythm and create apclustert object apiris1
apiris1<-apcluster(sim,details=T)


apiris1=apclusterK(sim,details=T,K=2,verbose=T)

之后，我在其中看到了簇数和观测值

 Cluster 1, exemplar 8:
      1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 
      22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 
      40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 58 99
   Cluster 2, exemplar 124:
      51 52 53 54 55 56 57 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 
      70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 
      88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 100 101 102 103 104 
      105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 
      119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 
      133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 
      147 148 149 150

如何在 R 中保留属于集群的观察

为了让我的 post 更清楚，在输出中我希望这样 table

      n Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species Save.cluster
1   1          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa            1
2   2          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa            1
3   3          4.7         3.2          1.3         0.2     setosa            1
4   4          4.6         3.1          1.5         0.2     setosa            1
5   5          5.0         3.6          1.4         0.2     setosa            1
6   6          5.4         3.9          1.7         0.4     setosa            1
7   7          4.6         3.4          1.4         0.3     setosa            1
8   8          5.0         3.4          1.5         0.2     setosa            1
9   9          4.4         2.9          1.4         0.2     setosa            1
10 10          4.9         3.1          1.5         0.1     setosa            1
11 51          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor            2
12 52          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor            2
13 53          6.9         3.1          4.9         1.5 versicolor            2
14 54          5.5         2.3          4.0         1.3 versicolor            2
15 55          6.5         2.8          4.6         1.5 versicolor            2

Answer 1

集群索引存储在apiris1@clusters中。您可以制作一个 data.frame 就像您要求的那样：

iris1 = iris
iris1$Save.cluster = 0
for(i in 1:length(apiris1@clusters)) {
    iris1$Save.cluster[apiris1@clusters[[i]]] = i }
head(iris1)
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species Save.cluster
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa            1
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa            1
3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa            1
4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa            1
5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa            1
6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa            1

在 R 中保留属于集群的观察

keep the observation belonging to the cluster in R

r

cluster-analysis

hclust

dataframe

unsupervised-learning