来自 seqrep 的代表性序列的 SPS 格式

Question

有谁知道如何从以 SPS 格式给出的 seqrep 输出中提取代表性序列？ seqrplot 的情节的观众将非常有帮助。

Answer 1

您可以使用 format = 'SPS' 参数打印输出。我用 biofam 数据

来说明

data(biofam)
biofam.lab <- c("Parent", "Left", "Married", "Left+Marr",
                "Child", "Left+Child", "Left+Marr+Child", "Divorced")
biofam.seq <- seqdef(biofam, 10:25, labels=biofam.lab)

## Computing the distance matrix
costs <- seqcost(biofam.seq, method="INDELSLOG")
biofam.om <- seqdist(biofam.seq, method="OM", sm=costs$sm, indel=costs$indel)

## Representative set using the neighborhood density criterion
biofam.rep <- seqrep(biofam.seq, diss=biofam.om, criterion="density")
print(biofam.rep, format="SPS")

##     Sequence         
## [1] (0,16)           
## [2] (0,9)-(3,1)-(6,6)
## [3] (0,6)-(1,10)

如果你想检索SPS形式的代表序列，你可以使用seqformat和seqconc:

biofam.rep.sps <- seqconc(seqformat(biofam.rep, to='SPS'))

结果是一个单列矩阵，每个代表序列存储为一个字符串。

来自 seqrep 的代表性序列的 SPS 格式

SPS format of representative sequence from seqrep

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