OpenMPI

Question

我一直在使用 OpenMPI，但在从我的 proc 中请求等级时我没有得到预期的行为。

我有一个简单的 C 程序，它应该打印每个进程的排名：

minimal.c :

#include <stdio.h>
#include "mpi.h"

int
main (int argc, char *argv[])
{
    unsigned int procs;
    unsigned int self;
    MPI_Comm com;

    /* MPI ini */
    MPI_Init (&argc, &argv);
    com = MPI_COMM_WORLD;
    MPI_Comm_size (com, &procs);
    MPI_Comm_rank (com, &self);

    printf("My rank is %d\n", self);

    /* MPI Finalize */
    MPI_Finalize();
    return 0;
}

我用 :

编译

mpicc minimal.c -o minimal

现在，如果我运行在我自己的计算机上执行以下命令：

mpirun -np 2 minimal

我得到以下跟踪：

$ mpirun -np 2 minimal
My rank is 0
My rank is 0

我觉得这很令人不安。

所以，我继续挖掘 mpi运行手册，最后用 -display-devel-map 和 - 打印了额外的信息报告绑定，这是我得到的痕迹：

$ mpirun -np 2 -display-devel-map -report-bindings minimal
 Data for JOB [53858,1] offset 0

 Mapper requested: NULL  Last mapper: round_robin  Mapping policy: BYCORE  Ranking policy: SLOT
 Binding policy: CORE:IF-SUPPORTED  Cpu set: NULL  PPR: NULL  Cpus-per-rank: 1
  Num new daemons: 0  New daemon starting vpid INVALID
  Num nodes: 1

 Data for node: UX31A     Launch id: -1   State: 2
  Daemon: [[53858,0],0]   Daemon launched: True
  Num slots: 2    Slots in use: 2 Oversubscribed: FALSE
  Num slots allocated: 2  Max slots: 0
  Username on node: NULL
  Num procs: 2    Next node_rank: 2
  Data for proc: [[53858,1],0]
      Pid: 0  Local rank: 0   Node rank: 0    App rank: 0
      State: INITIALIZED  App_context: 0
      Locale: [BB/..]
      Binding: [BB/..]
  Data for proc: [[53858,1],1]
      Pid: 0  Local rank: 1   Node rank: 1    App rank: 1
      State: INITIALIZED  App_context: 0
      Locale: [../BB]
      Binding: [../BB]
[UX31A:04861] MCW rank 1 bound to socket 0[core 1[hwt 0-1]]: [../BB]
[UX31A:04861] MCW rank 0 bound to socket 0[core 0[hwt 0-1]]: [BB/..]
My rank is 0
My rank is 0

这让我很困惑。

我正在使用 Ubuntu 16.04 和来自 apt repos 的 OpenMPI 包。我的电脑是华硕 UX31a。

如果有人能给我一些关于这里发生的事情的见解，我将不胜感激。

谢谢！

Answer 1

感谢 Gilles Gouaillardet，我终于找到了发生的事情！

结果我安装了 mpich 库和 openmpi 个垃圾箱！

这是我所做的：

检查我的二进制文件中使用了哪个库：

$ ldd minimal ... libmpich.so.12 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.so.12 ...

$ dpkg -S /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.so.12 libmpich12:amd64: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.so.12.1.0
检查哪个包提供了我的 mpicc 和 mpirun 二进制文件：

$ which mpirun /usr/bin/mpirun

$ dpkg -S mpirun openmpi-bin: /usr/bin/mpirun.openmpi ...
我删除了我安装的 mpich 个软件包

sudo apt-get remove libmpich12 libmpich-dev
我安装了我需要的 openmpi 库

sudo apt-get install libopenmpi-dev

完成后我再次编译：

$ mpicc minimal.c -o minimal
$ mpirun -np 2 minimal
My rank is 0
My rank is 1

万岁！

OpenMPI - 在不同的过程中排名相同

OpenMPI - same rank on different procs

c

operating-system