从 Rcpp 中调用 igraph

Question

作为在进一步处理之前利用随机抽取的网络数据的一部分，我试图在每次迭代开始时调用 igraph 包中的几个函数。我使用的代码如下：

#define ARMA_64BIT_WORD
#include <RcppArmadillo.h>

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
using namespace Rcpp;

using arma::sp_mat;

// [[Rcpp::export]]
sp_mat adj_mat(int n, double p) {

  Environment igraph("package:igraph");
  Function game_er = igraph["erdos.renyi.game"];
  Function get_adjacency = igraph["get.adjacency"];

  List g = game_er(Named("n", n), Named("p", p));

  NumericMatrix A_m = get_adjacency(Named("g", g));

  sp_mat A = as<sp_mat>(A_m);

  return A;
}


/*** R
set.seed(20130810)
library(igraph)

adj_mat(100, 0.5)
*/

因此，当 C++ 在没有警告的情况下进行编译时，会抛出以下错误：

> sourceCpp("Hooking-R-in-cpp.cpp")

> set.seed(20130810)

> library(igraph)

> adj_mat(100, 0.5)
Error in adj_mat(100, 0.5) : 
  Not compatible with requested type: [type=S4; target=double].

从错误看来我正在将 S4 class 传递给 double？哪里出错了？

Answer 1

您在 C++ 函数中间强加了与表示不对应的类型，因此您在尝试实例化它们时遇到 run-time 错误。

以下版本有效。我不太了解 igraph，无法建议您还可以使用什么来存储第一个 return；对于 S4，您可以使用 dgCMatrix 矩阵，但 S4 是一个不错的超集。

#include <RcppArmadillo.h>

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
using namespace Rcpp;

using arma::sp_mat;

// [[Rcpp::export]]
sp_mat adj_mat(int n, double p) {

  Environment igraph("package:igraph");
  Function game_er = igraph["erdos.renyi.game"];
  Function get_adjacency = igraph["get.adjacency"];

  SEXP g = game_er(Named("n", n), Named("p", p));

  S4 A_m = get_adjacency(Named("g", g));

  sp_mat A = as<sp_mat>(A_m);

  return A;
}

/*** R
set.seed(20130810)
library(igraph)

adj_mat(100, 0.5)
*/

从 Rcpp 中调用 igraph

Calling igraph from within Rcpp

r

igraph

rcpp

rcpp11