R：如何提取树状图某个节点中的所有标签

Question

我正在编写一个程序（作为它的一部分）自动从输入数据集创建树状图。对于 each node/split 我想提取 all 该节点下的标签 and该节点在树状图上的位置（用于进一步绘图）。因此，假设我的数据如下所示：

> Ltrs <- data.frame("A" = c(3,1), "B" = c(1,1), "C" = c(2,4), "D" = c(6,6))
> dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(Ltrs))))
> plot(dend)

The dendrogram

现在我可以提取 splits/nodes 的位置：

> library(dendextend)
> nodes <- get_nodes_xy(dend)
> nodes <- nodes[nodes[,2] != 0, ]
> nodes
      [,1]     [,2]
[1,] 1.875 7.071068
[2,] 2.750 3.162278
[3,] 3.500 2.000000

现在我想获取一个节点下的所有标签，对于每个节点（/row from the 'nodes' variable）。

这应该看起来像这样：

$`1`
[1] "D" "C" "B" "A"

$`2`
[1] "C" "B" "A"

$`3 `
[1] "B" "A"

有人能帮帮我吗？提前致谢:)

Answer 1

这样的怎么样？

library(tidyverse)
library(dendextend)
Ltrs <- data.frame("A" = c(3,1), "B" = c(1,1), "C" = c(2,4), "D" = c(6,6))
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(Ltrs))))

accumulator <- list();
myleaves <- function(anode){
    if(!is.list(anode))return(attr(anode,"label"))
    accumulator[[length(accumulator)+1]] <<- (reduce(lapply(anode,myleaves),c))
}

myleaves(dend);
ret <- rev(accumulator); #generation was depth first, so root was found last.

最好测试一下。我不是很值得信赖。特别是，我真的希望列表 ret 的顺序有意义，否则将条目与正确的节点相关联会很痛苦！祝你好运。

Answer 2

函数 partition_leaves() 提取每个节点的所有叶标签，并按照与 get_nodes_xy() 输出相同的方式生成一个列表。以你的例子，

Ltrs <- data.frame("A" = c(3,1), "B" = c(1,1), "C" = c(2,4), "D" = c(6,6))
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(Ltrs))))
plot(dend)

partition_leaves(dend)

产量：

[[1]]
[1] "D" "C" "A" "B"

[[2]]
[1] "D"

[[3]]
[1] "C" "A" "B"

[[4]]
[1] "C"

[[5]]
[1] "A" "B"

[[6]]
[1] "A"

[[7]]
[1] "B"

按向量长度过滤列表将得到与所需结果相似的输出。

R：如何提取树状图某个节点中的所有标签

R: How to extract all labels in a certain node of a dendrogram

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