如何使用 biopython 或其他工具反转 fastq 文件？

Question

我有来自 Illumina Hiseq 的单读 fastq，我想使用 biopython（或其他）生成反向。我只能找到有关如何使用 reverse_complement(dna) 获得反向补码的信息，但我不知道如何仅获得反向。

谢谢！

Answer 1

这只是打印出序列的反面。如果你需要fastq文件中的质量信息，你也需要反过来！

from Bio import SeqIO

with open('sample.fastq') as handle:
    for record in SeqIO.parse(handle, 'fastq'):
        sequence = str(record.seq)
        reverse_sequence = sequence[::-1]
        print(reverse_sequence)

Answer 2

a one-liner 使用 rev 和 tr 转换输入的第二行（和 rev 第 4 行）。

gunzip -c in.fq.gz | while read L; do echo $L && read L && echo $L | rev  |  tr "ATGCN" "TACGN" && read L && echo $L && read L && echo $L | rev ;done

如何使用 biopython 或其他工具反转 fastq 文件？

How to reverse a fastq file using biopython or other tools?

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