在 Hmisc 之后加载 tidyverse 时的评估错误

Question

我正在使用 r 3.3.3、dplyr 0.7.4 和 Hmisc 4.1-1。我注意到我加载包的顺序会影响 dplyr::summaries 函数是否工作。我知道以不同的顺序加载包会掩盖某些功能，但我使用 package::function() 语法来避免该问题。确切的问题围绕着标记变量。我知道过去 tidyverse 和变量标签存在问题，但 none 似乎解决了为什么会出现这种特殊情况。

第一个有效的例子 - 我只加载 Hmisc 然后加载 dplyr，我能够总结数据 -

#this works fine
library(Hmisc)
library(dplyr)

Hmisc::label(iris$Petal.Width) <- "Petal Width"

sumpct <- iris %>% 
  dplyr::group_by(Species) %>% 
  dplyr::summarise(med =median(Petal.Width),A40 = round(100*ecdf(Petal.Width)(.40),1),
            A50 =round(100*ecdf(Petal.Width)(.50),1),
            mns = mean(Petal.Width),
            lowermean = mean(Petal.Width)-sd(Petal.Width),
            lowermedian = median(Petal.Width) - sd(Petal.Width))

下面的第二个例子中断了。我开始一个新会话并在 Hmisc 之后加载 tidyverse 并且仍然使用 package::function() 语法但这会引发错误：

Error in summarise_impl(.data, dots) : Evaluation error: x and labels must be same type.

第二个例子：

###restart session 
#this example does not work

library(Hmisc)
library(tidyverse)


Hmisc::label(iris$Petal.Width) <- "Petal Width"

sumpct <- iris %>% 
  dplyr::group_by(Species) %>% 
  dplyr::summarise(med =median(Petal.Width),A40 = round(100*ecdf(Petal.Width)(.40),1),
                   A50 =round(100*ecdf(Petal.Width)(.50),1),
                   mns = mean(Petal.Width),
                   lowermean = mean(Petal.Width)-sd(Petal.Width),
                   lowermedian = median(Petal.Width) - sd(Petal.Width))

但是，第三个示例确实有效，我只是重新启动会话并在 Hmisc 之前加载 tidyverse

第三个例子：

###switch order of loading packages and this works

library(tidyverse)
library(Hmisc)


Hmisc::label(iris$Petal.Width) <- "Petal Width"

sumpct <- iris %>% 
  dplyr::group_by(Species) %>% 
  dplyr::summarise(med =median(Petal.Width),A40 = round(100*ecdf(Petal.Width)(.40),1),
                   A50 =round(100*ecdf(Petal.Width)(.50),1),
                   mns = mean(Petal.Width),
                   lowermean = mean(Petal.Width)-sd(Petal.Width),
                   lowermedian = median(Petal.Width) - sd(Petal.Width))

所以我的问题是，当我使用 package::function() 语法时，为什么我加载包的顺序很重要，特别是关于标记变量和 tidyverse？

更新：以下错误的会话信息：

sessionInfo()

R version 3.3.3 (2017-03-06) Running under: Windows 7 x64 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

其他附包：[1]bindrcpp_0.2forcats_0.3.0
stringr_1.3.0 dplyr_0.7.4 [5] purrr_0.2.4 readr_1.1.1
tidyr_0.8.0 tibble_1.4.2 [9] tidyverse_1.2.1 Hmisc_4.1-1
ggplot2_2.2.1 Formula_1.2-2 [13] survival_2.41-3 lattice_0.20-35

通过命名空间加载（未附加）：[1] reshape2_1.4.3
splines_3.3.3 haven_1.1.1 [4] colorspace_1.3-2
htmltools_0.3.6 base64enc_0.1-3 [7] rlang_0.2.0
pillar_1.2.1 foreign_0.8-69 [10] glue_1.2.0
RColorBrewer_1.1-2 readxl_1.0.0 [13] modelr_0.1.1
plyr_1.8.4 bindr_0.1.1 [16] cellranger_1.1.0
munsell_0.4.3 gtable_0.2.0 [19] rvest_0.3.2
htmlwidgets_1.0 psych_1.7.8 [22] latticeExtra_0.6-28 knitr_1.20 parallel_3.3.3 [25] htmlTable_1.11.2
broom_0.4.3 Rcpp_0.12.16 [28] acepack_1.4.1
scales_0.5.0 backports_1.1.2 [31] checkmate_1.8.5
jsonlite_1.5 gridExtra_2.3 [34] mnormt_1.5-5
hms_0.4.2 digest_0.6.15 [37] stringi_1.1.7
grid_3.3.3 cli_1.0.0 [40] tools_3.3.3
magrittr_1.5 lazyeval_0.2.1 [43] cluster_2.0.6
crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.1 [46] Matrix_1.2-12
xml2_1.2.0 数据.table_1.10.4-3 [49] lubridate_1.7.3
assertthat_0.2.0 httr_1.3.1 [52] rstudioapi_0.7
R6_2.2.2 rpart_4.1-13 [55] nnet_7.3-12
nlme_3.1-131.1

Answer 1

更新： 自 haven version 2.0.0 起，此问题已得到解决，因为天堂 "labelled" class 已重命名为 "haven_labelled" 以避免与杂项.

tl;dr: 订单很重要。

为了更详细的解答，我们先重现错误：

library(Hmisc)
#> Loading required package: lattice
#> Loading required package: survival
#> Loading required package: Formula
#> Loading required package: ggplot2
#> 
#> Attaching package: 'Hmisc'
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     format.pval, units
library(tidyverse)
#> Warning: package 'forcats' was built under R version 3.4.4

从原始 summarise 示例中逐个删除元素后，我设法减少了将错误重现为这些代码行：

Hmisc::label(iris$Petal.Width) <- "Petal Width"
head(iris)
#> Error: `x` and `labels` must be same type

我们可以查看回溯，看看是否可以找到可能导致错误的函数：

traceback()
#> 8: stop("`x` and `labels` must be same type", call. = FALSE)
#> 7: labelled(NextMethod(), attr(x, "labels"))
#> 6: `[.labelled`(xj, i)
#> 5: xj[i]
#> 4: `[.data.frame`(x, seq_len(n), , drop = FALSE)
#> 3: x[seq_len(n), , drop = FALSE]
#> 2: head.data.frame(iris)
#> 1: head(iris)

[.labelled 电话看起来很可疑。为什么叫它？

lapply(iris, class)
#> $Sepal.Length
#> [1] "numeric"
#> 
#> $Sepal.Width
#> [1] "numeric"
#> 
#> $Petal.Length
#> [1] "numeric"
#> 
#> $Petal.Width
#> [1] "labelled" "numeric" 
#> 
#> $Species
#> [1] "factor"

啊，用Hmisc::label给Petal.Width设置了标签，还加了S3class。我们可以检查方法定义的位置 getAnywhere:

getAnywhere("[.labelled")
#> 2 differing objects matching '[.labelled' were found
#> in the following places
#>   registered S3 method for [ from namespace haven
#>   namespace:Hmisc
#>   namespace:haven
#> Use [] to view one of them

的确，haven和Hmisc都定义了方法。因为 haven 是在 Hmisc 之后加载，首先找到它的定义，因此被使用：

getAnywhere("[.labelled")[1]
#> function (x, ...) 
#> {
#>     labelled(NextMethod(), attr(x, "labels"))
#> }
#> <environment: namespace:haven>

haven 期望 labelled 对象具有 labels 属性，这 Hmisc::label 不创建：

attr(iris$Petal.Width, "labels")
#> NULL

这就是错误的来源。

但是等等： 为什么 haven 甚至加载了？它没有附加 library(tidyverse)。事实证明，haven 是 tidyverse 中的 listed as an imported package，这导致它在附加包裹时被加载（参见例如 here)。并加载一个包，除其他事项外，注册其 S3 方法：这是冲突的地方来自.

实际上，如果您想同时使用 Hmisc 和 tidyverse，顺序很重要。要进一步解决该问题，可能需要更改源代码级别软件包对 labelled S3 class.

的使用

由 reprex package (v0.2.0) 创建于 2018-03-21。

在 Hmisc 之后加载 tidyverse 时的评估错误

Evaluation Error when tidyverse is loaded after Hmisc

r

dplyr

tidyverse

hmisc