将 1 或 2 d numpy 数组传递给 c throw cython

Question

我正在按照 this 指南，用 c 和 cython 编写我的 python 代码的扩展。

我的 c 函数签名是

void c_disloc(double *pEOutput, double *pNOutput, double *pZOutput, double *pModel, double *pECoords, double *pNCoords, double nu, int NumStat, int NumDisl)

我的 cython 函数是

cdef extern void c_disloc(double *pEOutput, double *pNOutput, double *pZOutput, double *pModel, double *pECoords, double *pNCoords, double nu, int NumStat, int NumDisl)

@cython.boundscheck(False)
@cython.wraparound(False)
def disloc(np.ndarray[double, ndim=2, mode="c"] pEOutput not None,
           np.ndarray[double, ndim=2, mode="c"] pNOutput not None,
           np.ndarray[double, ndim=2, mode="c"] pZOutput not None,
           np.ndarray[double, ndim=1, mode="c"] pModel not None,
           np.ndarray[double, ndim=2, mode="c"] pECoords not None,
           np.ndarray[double, ndim=2, mode="c"] pNCoords not None,
           double nu,int NumStat, int NumDisl ):

    c_disloc(&pEOutput[0,0], &pNOutput[0,0], &pZOutput[0,0], &pModel[0], &pECoords[0,0], &pNCoords[0,0], nu, NumStat, NumDisl)

    return None

现在我的 c 函数具有相同的行为，无论它获取的数组是 1d 还是 2d 数组，但我没有成功使 cython 函数能够获取 1d 或 2d numpy 数组。当然，我可以为 1d 情况编写两个 cython 函数，为 2d 情况编写一个函数，但是用一个函数来完成它会更干净。有人知道怎么做吗？

Answer 1

我会接受一个无类型的参数，检查它是一个 C 连续数组，然后使用 np.ravel 得到一个平面数组（这个 returns 一个视图，而不是一个副本，当传递一个C连续数组）。很容易将其创建为 cdef 函数：

cdef double* get_array_pointer(arr) except NULL:
    assert(arr.flags.c_contiguous) # if this isn't true, ravel will make a copy
    cdef double[::1] mview = arr.ravel()
    return &mview[0]

那你就做

def disloc(pEOutput,
           pNOutput,
           # etc...
           double nu,int NumStat, int NumDisl ):

    c_disloc(get_array_pointer(pEOutput), get_array_pointer(pNOutput),
            # etc
            nu, NumStat, NumDisl)

我删除了

@cython.boundscheck(False)
@cython.wraparound(False)

因为很明显，他们几乎不会给您带来任何好处。使用它们而不考虑它们是否做任何事情对我来说就像货物崇拜编程。

将 1 或 2 d numpy 数组传递给 c throw cython

passing 1 or 2 d numpy array to c throw cython

numpy

cython

python-c-api