在 R 中使用 haploNet (pegas) 识别单倍型之间的突变

Question

我认为这可能是一个简单的问题，但在阅读了 pegas 文档后我无法解决它。我想使用 FASTA 文件绘制单倍型网络，并确定哪些突变正在分离不同的单倍型。

示例：

fa <- read.FASTA("example.fa")
haps <- haplotype(fa)
haps50 <- subset(haps, minfreq = 50)
(network <- haploNet(haps50))

plot(network, size = attr(network, "freq"),show.mutation=1,labels=T)

如何识别突变在我的 FASTA 文件中的位置，例如单倍型 XX 与 V？

附加问题： 是否也有可能知道例如其中一种单倍型的单倍型序列是什么？例如单倍型V，这是相当频繁的？

Answer 1

pegas 包包含一个函数 diffHaplo，它指定单倍型之间的差异。

diffHaplo(haps50, a = "XX", b = "V")

提取频繁单倍型V的DNA序列，classhaplotype对象中的索引将识别哪个DNA序列包含单倍型。

# haplotype index from its name
i <- which(attr(haps50, "dimnames")[[1]] == "V")
# index of the first sequence with the haplotype
s <- attr(haps50, "index")[[i]][1]

然后可以在比对中识别相应的序列 fa 以保存或打印在屏幕上。

write.dna(fa[s], file = "hapV.fas", format = "fasta", nbcol = -1, colsep = "")
paste(unlist(as.character(fa[s])), collapse = "")

在 R 中使用 haploNet (pegas) 识别单倍型之间的突变

Identifying mutations between haplotypes using haploNet (pegas) in R

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