R如何安装指定版本的bioconductor包？

Question

我想使用的当前版本的软件包在 bioconductor 上失败。然而，旧版本曾经有效。
我想知道如何安装特定版本的 bioconductor 包？
提前致谢。

在我的例子中，这个包叫做 biomaRt，失败的版本是 2.34.2，而 2.34.0 是成功的。

重要更新：今年是 2022 年，我强烈建议您切换到企业中使用的编程语言。与 R 不同，企业中使用的软件确实有非功能性需求，允许它们在现实生活场景中使用。例如，检查 Instagram/Twitter/Dropbox/Reddit 的后端服务中使用的技术以及他们选择这些技术的动机是什么。这已经是一个好的开始了。

Answer 1

Bioconductor 在此处存储包档案：https://bioconductor.org/packages/3.6/bioc/src/contrib/Archive/

1) 找到并下载您要安装的版本。
2) 使用 R CMD INSTALL yourpackage_version_x.y.z.tar.gz 安装它 Eugène Adell 在评论中建议。
如果您在 bioconductor 存档中找不到特定版本，请尝试在包的 github 存储库中找到它。

Answer 2

尝试将 repos = c("https://bioconductor.org/packages/3.5/bioc", "other CRAN repos that might be needed") 选项添加到 install.packages 调用以安装以前版本的 Bioconductor 包。不建议从 tar.gz 存档安装特定版本，因为您最终可能会在 Bioconductor 安装中得到相互不兼容的包。

Answer 3

我想要的 DESeq2 包的版本是 1.24，位于 Bioconductor 发行版 3.9 中。 Bioconductor 的当前发行版本是 3.10，DESeq2 版本是 1.26。

执行 BiocManager::install("DESeq2") 将因此生成 1.26 版。为了获得我想要的版本，我必须使用

安装与 Bioconductor 3.9 版本兼容的软件包

BiocManager::install(version = "3.9")

然后

BiocManager::install("DESeq2", version = "3.9")

这是我 sessionInfo() 的一部分。注意 DESeq2 的正确版本。

> sessionInfo()
R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: Fedora 31 (Workstation Edition)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=sl_SI.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=sl_SI.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=sl_SI.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=sl_SI.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

other attached packages:
 [1] data.table_1.13.2           DESeq2_1.24.0               SummarizedExperiment_1.14.1 DelayedArray_0.10.0        
 [5] BiocParallel_1.18.1         matrixStats_0.57.0          Biobase_2.44.0              GenomicRanges_1.36.1       
 [9] GenomeInfoDb_1.20.0         IRanges_2.18.3              S4Vectors_0.22.1            BiocGenerics_0.30.0

R如何安装指定版本的bioconductor包？

R how to install a specified version of a bioconductor package?

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