将 python-igraph 图转换为 networkx

Question

最近我一直在使用 python-igraph 包，我的所有代码都基于我使用 igraph 创建的图表。现在，我需要为我的图形计算一些度量，这些度量显然是在 networkx 中实现的，而不是在 igraph 中实现的，例如 (katz_centrality_numpy、edge_betweenness_centrality、...)。我想知道是否有办法在这两个包之间将一个图转换为另一个图，并避免再次读取文件，因为我的文件很大并且必须重复很多相同的过程。

顺便说一下，当我将 igraph 图传递给 networkx 函数时，我收到以下错误：

TypeError: 'Graph' object is not iterable

谢谢:)

Answer 1

您可以启动带边的 networkx 图：

Graph([(1,2), (3,4)])

参见the documentation。

编辑：

这是使用方法（感谢 nimafl 提供的代码）：

graph 是 igraph 图，我们创建 G 这是一个 networkx 图。

import networkx
A = graph.get_edgelist()
G = networkx.DiGraph(A) # In case your graph is directed
G = networkx.Graph(A) # In case you graph is undirected

Answer 2

好的，所以我自己想出来了。这是你应该做的。假设您的 python.igraph 对象称为图形，我们创建一个名为 G 的 networkx 图形如下：

import networkx as netx

A = [edge.tuple for edge in graph.es]
# In case your graph is directed
G = netx.DiGraph(A)
# In case you graph is undirected
G = netx.Graph(A)

graph.es returns 图边列表，然后将它们全部添加到 A 并使用矩阵 A 在 networkx 中创建一个图。

祝您代码顺利:)

Answer 3

当我尝试在 igraph 或 nx 上存储 nodes/edges 的名称时，这是我的单行版本，它在从 igraph 对象 g 传输到 nx 时也传输节点名称， G、结果：

G = nx.from_edgelist([(names[x[0]], names[x[1]])
                      for names in [g.vs['name']] # simply a let
                      for x in g.get_edgelist()], nx.DiGraph())

此外，如果您需要相反的方法，请查看 this answer。

Answer 4

最佳答案很好，但以防万一需要保留节点的顺序（以便对 mNgraph.nodes 进行排序），并且 igraph.Graph 没有节点名称，请考虑使用像

mNgraph = networkx.Graph()
mNgraph.add_nodes_from(range(mIgraph.vcount()))
mNgraph.add_edges_from(mIgraph.get_edgelist())

将 python-igraph 图转换为 networkx

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