根据perl中的第一列合并N个文件

Question

我的问题与之前发布的 question 类似。

我有很多文件，我需要根据第一列 ID 的存在与否来合并它们，但是在合并时我在输出文件中得到很多空值，我希望这些空值是如果它不存在于另一个文件中则为零。下面的示例仅基于两个文件内容，但我有很多类似这种格式（表格）的示例文件。

例如：

File1
ID   Value
123  1
231  2
323  3
541  7
File2
ID   Value
541  6
123  1
312  3
211  4
Expected Output:
ID    File1    File2
123    1       1
231    2       0
323    3       0
541    7       6
312    0       3
211    0       4

Obtaining Output:
ID    File1    File2
123    1       1
231    2       
323    3       
541    7       6
312    undef   3
211    undef   4

正如您在上面看到的，我得到了输出，但在 file2 列中，它没有添加零或留空，如果是 file1 列，它具有 undef 值。我已经检查了 undef 值，然后我的最终输出给出了零来代替 undef 值，但我仍然有那些空白。请在下面找到我的代码（仅为两个文件硬编码）。

    #!/usr/bin/perl
    use strict;
    use warnings;
    use diagnostics;
    use Data::Dumper;
    my $path = "/home/pranjay/Projects/test";
    my @files = ("s1.txt","s2.txt");
    my %classic_com;
    my $cnt;
    my $classic_txt;
    my $sample_cnt = 0;
    my $classic_txtcomb = "test_classic.txt";
    open($classic_txt,">$path/$classic_txtcomb") or die "Couldn't open file 
    $classic_txtcomb for writing,$!";

    print $classic_txt "#ID\t"."file1\tfile2\n";

    foreach my $file(@files){
    $sample_cnt++;
    print "$sample_cnt\n";
    open($cnt,"<$path/$file")or die "Couldn't open file $file for reading,$!";
    while(<$cnt>){

            chomp($_);
            my @count = ();
            next if($_=~/^ID/);
            my @record=();
            @record=split(/\t/,$_);
            my $scnt = $sample_cnt -1;
            if((exists($classic_com{$record[0]})) and ($sample_cnt > 0)){
                    ${$classic_com{$record[0]}}[$scnt]=$record[1];
            }else{
                    $count[$scnt] = "$record[1]";
                    $classic_com{$record[0]}= [@count];
            }
        }
    }


my %final_txt=();
    foreach my $key ( keys %classic_com ) {
            #print "$key: ";
            my @val = @{ $classic_com{$key} };
            my @v;
            foreach my $i ( @val ) {
                    if(not defined($i)){
                            $i = 0;
                            push(@v, $i);
                    }else{
                            push(@v, $i);
                            next;
                    }
            }
            $final_txt{$key} = [@v];
    }
    #print Dumper %classic_com;
    while(my($key,$value)=each(%final_txt)){
            my $val=join("\t", @{$value});
            print $classic_txt "$key\t"."@{$value}"."\n";
    }

Answer 1

只需将输入文件读入数组散列。最上面的键是 ID，每个内部数组在第 i 位置包含文件 i 的值。打印时，使用 // defined-or 运算符将 undefs 替换为零：

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use feature qw{ say };

my %merged;

my $file_tally = 0;
while (my $file = shift) {
    open my $in, '<', $file or die "$file: $!";
    <$in>;  # skip the header
    while (<$in>) {
        my ($id, $value) = split;
        $merged{$id}[$file_tally] = $value;
    }
    ++$file_tally;
}

for my $value (keys %merged) {
    my @values = @{ $merged{$value} };
    say join "\t", $value, map $_ // 0, @values[0 .. $file_tally - 1];
}

Answer 2

program.pl

my %val;
/ (\d+) \s+ (\d+) /x and $val{}{$ARGV} =  while <>;
pr( 'ID', my @f = sort keys %{{map%$_,values%val}} );
pr( $_, map$_//0, @{$val{$_}}{@f} ) for sort keys %val;
sub pr{ print join("\t",@_)."\n" }

运行:

perl program.pl s1.txt s2.txt

ID  s1.txt  s2.txt
123 1   1
211 0   4
231 2   0
312 0   3
323 3   0
541 7   6

根据perl中的第一列合并N个文件

Merging N no of files based on their first column in perl

perl

hashref

perl-hash