select snps 基于不重要的 HWE 使用 R 中 SNPassoc 包中的 tableHWE

Question

我是运行一个使用SNPassoc包的GWAS分析。我想分两步进行此分析： 1. 测试所有 snps 以确定它们是否处于哈迪温堡平衡 (HWE)； 2. 运行对发现在 HWE 中的 snps 进行关联测试（使用 Bonfirroni 校正来校正错误发现）。

为了进行这些分析，我试图在 R 中使用 SNPassoc 包。使用这个包，首先使用函数 setupSNP 转换数据：

myData<-setupSNP(data=SNPs,colSNPs=1:10,sep="") 在此示例中，假设第 1 列是某个分类因变量，而 2-10 是具有三个级别 (AA、AB、BB)

的 snps

一旦数据采用这种格式，您就可以使用以下函数在所有 snps 中测试 HWE：

res<-tableHWE(myData)

生成以下 double，其中标志 <- 指向 <=.05

的 p 值

        HWE (p value) flag
rs001        0.6211                      
rs002        0.8866                        
rs003        0.8210            
rs004        0.8474            
rs005        0.8364            
rs006        0.4969            
rs007        0.7229            
rs008        0.0345        <-

我还可以执行一组自动比较，执行以下操作：

ans<-WGassociation(myData$DV~1,data=myData)

产生以下结果：

          comments codominant dominant recessive overdominant log-additive
rs001          -    0.63396  0.60907   0.56673      0.34511      0.98948
rs002        -    0.43964  0.30132   0.65763      0.20148      0.53629
rs003          -    0.76300  0.79052   0.46217      0.90503      0.60872
rs004        -    0.54956  0.35198   0.39842      0.64349      0.27900
rs005         -    0.37222  0.32537   0.53702      0.15989      0.71894
rs006         -    0.32753  0.18286   0.84399      0.13830      0.34471
rs007            -    0.82284  0.75360   0.68389      0.56956      0.95867
rs008         -    0.77077  0.48628   0.73038      0.53702      0.47055

我想做的是 select 只有 HWE 中的那些 snps（即 p >.05），然后只对那些进行关联测试。有没有人知道如何做到这一点？我在文档中找不到它（见下文）

有关文档，请参阅：(http://davinci.crg.es/estivill_lab/tools/SNPassoc/SupplementaryMaterial.pdf)。

Answer 1

在我看来，您想将 data.frame 子集化为包含 HWE P > 0.05 的 SNP 的行，然后运行对剩余值进行关联测试。以 R 为基数：

# example object containing all snp data
all_snps <- data.frame(SNP_ID=paste("POS_", 1:1000, sep=""), stat1=sample(100, size=1000, replace=TRUE))

# example object containing hwe test
res <- data.frame(SNP_ID=paste("POS_", 1:1000, sep=""), HWE_P=runif(1000))

# subset the rows where P is > 0.05, extact vector of SNP IDs
SNPS_in_HWE <- subset(res, HWE_P > 0.05)$SNP_ID


# you can subset your "all snp data" object to the rows where the SNP ID is in the list of SNPs with P > 0.05
snps_in_HWE_subset <- all_snps[all_snps$SNP_ID %in% SNPS_in_HWE,]

# run the WGassociation function with this subset 
ans<-WGassociation(snps_in_HWE_subset$DV~1,data=snps_in_HWE_subset)

select snps 基于不重要的 HWE 使用 R 中 SNPassoc 包中的 tableHWE

select snps based on non-significant HWE using tableHWE in SNPassoc package in R

r

genetics