如何使 bash 脚本与一个又一个命令一起工作？

Question

我有一个如下所示的 bash 脚本。首先，它将 sorted.bam 个文件作为输入，并使用 "stringtie" 工具将每个样本 gtf 作为输出。然后每个样本 gtf 的路径将被赋予 mergelist.txt。然后对它们使用 "stringtie merge" 得到 "stringtie_merged.gtf".

我总共有 40 个 sorted.bam 个文件。

for sample in /path/*.sorted.bam
do
dir="/pathto/hisat2_output"
dir2="/pathto/folder"
base=`basename $sample '.sorted.bam'`
"stringtie -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/${base}/${base}_GRCh38.gtf -l ${dir2}/stringtie_output/${base}/${base} ${dir}/${base}.sorted.bam; ls ${dir2}/stringtie_output/*/*_GRCh38.gtf > mergelist.txt; stringtie --merge -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/stringtie_merged.gtf mergelist.txt"
done

我用 ; 分隔命令在运行所有 sorted.bam 文件的脚本之后，完成工作后我看到 mergelist.txt 只有 33 个样本的路径gtf的。这意味着其他 7 个示例 gtfs 的路径在合并中丢失 list.txt.

用 ; 分隔命令是正确的还是有其他方法？

脚本应该首先使用一个命令，输出需要在文本文件中给出路径，然后使用另一个命令。

Answer 1

多行有什么问题，因为你已经有不止一行了：

dir="/pathto/hisat2_output"
dir2="/pathto/folder"
for sample in /path/*.sorted.bam ;do
  base=$(basename ${sample} '.sorted.bam')
  stringtie -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/${base}/${base}_GRCh38.gtf -l ${dir2}/stringtie_output/${base}/${base} ${dir}/${base}.sorted.bam
  ls ${dir2}/stringtie_output/*/*_GRCh38.gtf > mergelist.txt 
  stringtie --merge -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/stringtie_merged.gtf mergelist.txt
done

无论如何，我看不出在循环中使用第二个 stringtie 命令有什么意义，之后它应该可以正常工作。

如果 stringtie 能够处理 STDIN，您可以在没有 mergelist.txt 的情况下使用：

stringtie --merge -p 8 -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf -o ${dir2}/stringtie_output/stringtie_merged.gtf <<< $(echo ${dir2}/stringtie_output/*/*_GRCh38.gtf)

Answer 2

你应该双引号你的变量并使用 $( command ) 而不是反引号

base=$( basename $sample '.sorted.bam' ) : 你有一个 space 文件名??

更喜欢：

base=$( basename "$sample.sorted.bam" ) # with or without space

如果你有spaces，你必须双引号：

stringtie -p 8 \
    -G gencode.v27.primary_assembly.annotation_nochr.gtf \
    -o "$dir2/stringtie_output/$base/$base_GRCh38.gtf" \
    -l "$dir2/stringtie_output/$base/$base" \
    "$dir/$base.sorted.bam"
ls "$dir2"/stringtie_output/*/*_GRCh38.gtf > mergelist.txt
...

Answer 3

你没有用semi-colons分隔命令；您调用了一个嵌入了 semi-colons 的命令。考虑简单的脚本：

"ls; pwd"

此脚本不调用ls，然后调用pwd。相反，shell 将搜索 PATH 以查找名为 ls; pwd 的文件（即名称中带有 semi-colon 和 space 的文件），可能找不到一个并以错误消息响应。您需要删除双引号。

如何使 bash 脚本与一个又一个命令一起工作？

How to make the bash script work with one command after another?

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