删除空格 comm 输出

Question

我有两个 ID 列表，我正在用 comm 命令进行比较。我的问题是输出看起来像这样：

YAL002W
YAL003W
        YAL004W
        YAL005C
                YAL008W
        YAL011W

我想做的就是尝试以某种方式对其进行管道传输，以便在写入文件时不带空空间，当我在 excel 中打开此文件时，它会转换为白色单元格。我已经尝试了我发现的所有可能的 grep、awk 和 sed 组合来删除空格而没有运气......
所以我得出的结论是列分别由一个或两个制表符分隔，因此我可以不要像删除空格而不删除文件格式那样容易地删除它们。

欢迎任何帮助或建议。谢谢

编辑：

我希望我的输出为三列，制表符分隔且没有空格

YAL002W YAL004W YAL008W
YAL003W YAL005C
        YAL011W

EDIT2 以避免引用的 XY 问题：

原问题（X）：我必须列出并且我想在两个列表之间找到共同的和独特的词（稍后生成维恩图）。所以 comm 似乎是完美的解决方案，因为我同时获得了所有三个列表，稍后我可以轻松地将其导入 excel。

次要问题（Y）：生成的三列不是三列（我开始这么想）因为我不能cut -f它们，也不能删除空白通常使用 awk 'NF' 或 grep . 的空格（例如）。

Answer 1

给定此输入和 comm 输出：

$ cat file1
YAL002W
YAL003W
YAL008W

$ cat file2
YAL004W
YAL005C
YAL008W
YAL011W

$ comm file1 file2
YAL002W
YAL003W
        YAL004W
        YAL005C
                YAL008W
        YAL011W

这将满足您的要求：

$ cat tst.awk
BEGIN { FS=OFS="\t" }
{
    colNr = NF
    rowNr = ++rowNrs[colNr]
    val[rowNr,colNr] = $NF
    numCols = (colNr > numCols ? colNr : numCols)
    numRows = (rowNr > numRows ? rowNr : numRows)
}
END {
    for (rowNr=1; rowNr<=numRows; rowNr++) {
        for (colNr=1; colNr<=numCols; colNr++) {
            printf "%s%s", val[rowNr,colNr], (colNr<numCols ? OFS : ORS)
        }
    }
}

.

$ comm file1 file2 | awk -f tst.awk
YAL002W YAL004W YAL008W
YAL003W YAL005C
        YAL011W

但是你当然可以跳过对 comm 的调用并立即使用 awk:

$ cat tst.awk
BEGIN { FS=OFS="\t" }
NR==FNR {
    file1[[=13=]]
    next
}
{
    if ([=13=] in file1) {
        colNr = 3
        delete file1[[=13=]]
    }
    else {
        colNr = 2
    }
    rowNr = ++rowNrs[colNr]
    val[rowNr,colNr] = [=13=]
}
END {
    for (v in file1) {
        colNr = 1
        rowNr = ++rowNrs[colNr]
        val[rowNr,colNr] = v
    }

    numRows = (rowNrs[1] > rowNrs[2] ? rowNrs[1] : rowNrs[2])
    numRows = (numRows   > rowNrs[3] ? numRows   : rowNrs[3])
    numCols = 3
    for (rowNr=1; rowNr<=numRows; rowNr++) {
        for (colNr=1; colNr<=numCols; colNr++) {
            printf "%s%s", val[rowNr,colNr], (colNr<numCols ? OFS : ORS)
        }
    }
}

.

$ awk -f tst.awk file1 file2
YAL002W YAL004W YAL008W
YAL003W YAL005C
        YAL011W

Answer 2

使用 awk 并将 TAB 作为字段分隔符。找到第一个填写的字段，并将其添加到 multi-dimensional 数组的相应列中。为每一列使用单独的计数器，以便您填写该数组中的下一行。

awk -F'\t' 'BEGIN {col1=0; col2=0; col3=0; max=0; SUBSEP="\t"}
            { if (!out[max]) {out[max,1] = ""; out[max,2] = ""; out[max,3] = ""} }
            length() { out[col1, 1] = ; if(col1 > max) max = col1++; next }
            length() { out[col2, 2] = ; if(col2 > max) max = col2++; next }
            length() { out[col3, 3] = ; if(col3 > max) max = col3++;  }
            END { for (i = 0; i < max; i++) { print(out[i]; }'

Answer 3

对于comm的输出，列数是固定的，这里是量身定做的方案

$ awk 'BEGIN {FS=OFS="\t"}
             {for(i=1;i<=3;i++) 
                if($i) {a[i,++c[i]]=$i; if(max<c[i]) max=c[i]}} 
       END   {for(i=1;i<=max;i++) print a[1,i],a[2,i],a[3,i]}' file

YAL002W YAL004W YAL008W
YAL003W YAL005C
        YAL011W

Answer 4

踢球，没有实施 comm。

gawk '
    NR == FNR {file1[[=10=]]; next}
    [=10=] in file1 {common[[=10=]]; delete file1[[=10=]]; next}
    {file2[[=10=]]}
    END {
        PROCINFO["sorted_in"] = "@ind_str_asc"
        c=0; for (e in file1)  v[1,++c] = e; max = c
        c=0; for (e in file2)  v[2,++c] = e; if (c > max) max = c
        c=0; for (e in common) v[3,++c] = e; if (c > max) max = c
        for (i=1; i<=max; i++)
            printf "%s\t%s\t%s\n", v[1,i], v[2,i], v[3,i]
    }
' file1 file2

YAL002W YAL004W YAL008W
YAL003W YAL005C 
    YAL011W

需要 GNU awk 才能使用 PROCINFO。

Answer 5

如需更多踢球，non-awk 回答

comm file1 file2 | ruby -e '
    data = Array.new(3) {Array.new}
    readlines.each {|line| 
        fields = line.chomp.split("\t")
        data[fields.length - 1] << fields[-1]
    }
    m = data.map(&:length).max
    data.collect {|lst| (lst + [""] * m).first(m)}   # pad shorter lists
        .transpose
        .each {|row| puts row.join("\t")}
'

YAL002W YAL004W YAL008W
YAL003W YAL005C 
        YAL011W

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