相似矩阵上的树状图和热图
Dendrogram and heatmap on similarity matrix
我已经为我的数据的成对比较计算了一个相似度矩阵，我想使用层次聚类和热图来可视化数据。
热图不是问题，但对于层次聚类，它似乎正在做我的相似性矩阵的距离矩阵（如果这改变了事情，我正在使用包 aheatmap），然后聚类.
指定它已经是基于该数据的相似矩阵和聚类的最佳方法是什么，在热图的旁边？
谢谢！
您应该能够将您的配对指定为 aheatmap。我用 iris 包试了一下。
NMF::aheatmap(iris[, 3:4]) # The default uses euclidean
NMF::aheatmap(iris[, 3:4], Rowv = 'manhattan', Colv = 'euclidean') # Specify what type of distance method to use on rows, and columns.
它还说你可以将外部聚类传递给它。有关更多信息，请参阅 ?NMF::aheatmap 帮助文件。
hc <- hclust(dist(x, method = 'minkowski'), method = 'centroid')
aheatmap(x, Rowv = hc, info = TRUE)
我已经为我的数据的成对比较计算了一个相似度矩阵，我想使用层次聚类和热图来可视化数据。
热图不是问题，但对于层次聚类，它似乎正在做我的相似性矩阵的距离矩阵（如果这改变了事情，我正在使用包 aheatmap），然后聚类.
指定它已经是基于该数据的相似矩阵和聚类的最佳方法是什么，在热图的旁边？
谢谢！
您应该能够将您的配对指定为 aheatmap。我用 iris 包试了一下。
NMF::aheatmap(iris[, 3:4]) # The default uses euclidean
NMF::aheatmap(iris[, 3:4], Rowv = 'manhattan', Colv = 'euclidean') # Specify what type of distance method to use on rows, and columns.
它还说你可以将外部聚类传递给它。有关更多信息，请参阅 ?NMF::aheatmap 帮助文件。
hc <- hclust(dist(x, method = 'minkowski'), method = 'centroid')
aheatmap(x, Rowv = hc, info = TRUE)