{ 中的错误：任务 1 失败 - "error returned from C call" 在 foreach 循环中使用 ncvar_get（ncdf4 包）

Question

我正在尝试从 .nc 文件中提取数据。由于我的文件中有 7 个变量，我想使用 foreach 循环遍历所有 7 个 ncvar_get 函数。

这是我的代码：

 # EXTRACTING CLIMATE DATA FROM NETCDF4 FILE

library(dplyr)
library(data.table)
library(lubridate)
library(ncdf4)
library(parallel)
library(foreach)
library(doParallel)

# SET WORKING DIRECTORY
setwd('/storage/hpc/data/htnb4d/RIPS/UW_climate_data/')

# SETTING UP
cores <- detectCores()
cl <- makeCluster(cores) 
registerDoParallel(cl)

# READING INPUT FILE
infile <- nc_open("force_SERC_8th.1979_2016.nc")
vars <- attributes(infile$var)$names
climvars <- vars[1:7]

# EXTRACTING INFORMATION OF STUDY DOMAIN:
tab <- read.csv('SDGridArea.csv', header = T)
point <- sort(unique(tab$PointID)) #6013 points in the study area

# EXTRACTING DATA (P, TMAX, TMIN, LW, SW AND RH):
clusterEvalQ(cl, {
  library(ncdf4)
})
clusterExport(cl, c('infile','climvars','point'))
foreach(i = climvars) %dopar% {
   climvar <- ncvar_get(infile, varid = i) # all data points 13650 points
   dim <- dim(climvar)
   climMX <- aperm(climvar,c(3,2,1))
   dim(climMX) <- c(dim[3],dim[1]*dim[2])
   climdt <- data.frame(climMX[,point]) #getting 6013 points in the study area
   write.table(climdt,paste0('SD',i,'daily.csv'), sep = ',', row.names = F)
}
stopCluster(cl)

错误是：

Error in { : task 1 failed - "error returned from C call"
Calls: %dopar% -> <Anonymous>
Execution halted

你能解释一下这段代码有什么问题吗？我认为这与集群无法找到从文件中获取哪个变量这一事实有关，因为 'error returned from C call' 通常来自 ncvar_get varid 参数。

Answer 1

我遇到了同样的问题（相同的错误消息）运行我的 MacBook Pro (OSX 10.12.5) 上有一个类似的 R 脚本。问题似乎是 foreach 循环中的不同工作人员尝试使用 ncvar_get 同时访问同一个 .nc 文件。这可以通过在 foreach 循环外使用 ncvar_get（将所有数据存储在一个大数组中）并从 foreach 循环内访问该数组来解决。

Answer 2

我在最近购买的工作机器上遇到了同样的问题。但是，相同的代码在我的家庭服务器上运行良好。

不同之处在于，在我的服务器上，我构建了启用并行访问的 netCDF 库（这需要 HDF5 使用某些 MPI 编译器编译）。

我怀疑这个功能可以防止 OP 的错误发生。

编辑:

为了使 NetCDF 具有并行 I/O，首先您需要使用以下参数构建 HDF5：

./configure --prefix=/opt/software CC=/usr/bin/mpicc CXX=/usr/bin/mpicxx FC=/usr/bin/mpifort

然后，在构建 NetCDF C 和 Fortran 库时，您还可以启用并行测试 I/O 以确保一切正常：

./configure -prefix=/opt/software --enable-parallel-tests CC=/usr/bin/mpicc CXX=/usr/bin/mpicxx（C版）

./configure --prefix=/opt/software --enable-parallel-tests CC=/usr/bin/mpicc FC=/usr/bin/mpifort F77=/usr/bin/mpifort（Fortran 版本）

当然，要做到这一点，您需要在计算机上安装某种 MPI 库（MPICH、OpenMPI）。

{ 中的错误：任务 1 失败 - "error returned from C call" 在 foreach 循环中使用 ncvar_get（ncdf4 包）

Error in { : task 1 failed - "error returned from C call" using ncvar_get (ncdf4 package) within foreach loop

r

foreach

error-handling

ncdf4