在 R 中导入带有网状结构的 matplotlib

Question

我刚开始使用 R 中的 reticulate 包，但我仍在解决一些问题。特别是，导入 matplotlib 并不顺利。我尝试了两种不同的方法，每种方法都有不同的错误消息。

首先，在RStudio的交互中使用repl_python shell:

library(reticulate)
use_python('/home/craig/anaconda3/bin/python')
py_discover_config()
repl_python()
import matplotlib.pyplot as plt

打开的 REPL Python shell 似乎具有正确的版本和所有内容，但是当我尝试导入 matplotlib.pyplot 时，我看到以下内容：

ImportError：/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1：未找到版本“ZLIB_1.2.9”（/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/../ 要求。 ./.././libpng16.so.16)

安装 zlib（使用 sudo apt-get install lib64z1-dev lib64z1）似乎没有任何改变。 FWIW，import matplotlib 工作得很好，只要我不需要 pyplot。

我也尝试在 R Markdown 文档中做同样的事情：

```{r}
library(reticulate)
py_discover_config()
```

```{python}
import matplotlib.pyplot as plt
```

这次看到：

py_get_attr_impl(x, name, silent) 中的错误：属性错误：模块 'matplotlib' 没有属性 'pyplot' 调用：... $.python.builtin.object -> py_get_attr -> py_get_attr_impl -> .调用执行暂停

知道这里会发生什么吗？

谢谢！

更新： 正如我在评论中提到的，安装网纹的开发者版本解决了一些问题，但不是全部。如果我尝试运行这个 Rmd:

```{r}
library(reticulate)
use_python('/home/craig/anaconda3/bin/python')
```

```{python}
import matplotlib.pyplot as plt
```

我收到以下错误消息：

Error in py_run_string_impl(code, local, convert) : 
  ImportError: /home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/PyQt5/../../../libxcb-dri3.so.0: undefined symbol: xcb_send_request_with_fds

Detailed traceback: 
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/pyplot.py", line 116, in <module>
    _backend_mod, new_figure_manager, draw_if_interactive, _show = pylab_setup()
  File "/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/__init__.py", line 60, in pylab_setup
[backend_name], 0)
  File "/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_qt5agg.py", line 16, in <module>
    from .backend_qt5 import (
  File "/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_qt5.py", line 18, in <module>
    import matplotlib.backends.qt_editor.figureoptions as figureoptions
  File "/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/qt_editor/figureoptions.py", line 20, in <module>
Calls: <Anonymous> ... force -> py_run_string -> py_run_string_impl -> .Call
Execution halted

当我尝试用谷歌搜索错误文本时，similar error with xcb 似乎出现在一个上下文中，据我所知，它不是那么相关。

Answer 1

通过将 R Markdown 代码块更改为以下内容，我能够让事情正常进行：

```{r}
library(reticulate)
use_python('/usr/bin/python3')
```

```{python}
import matplotlib.pyplot as plt
```

我仍然不太明白为什么，但似乎 reticulate 不能很好地与 anaconda 安装一起使用。也许这与 anaconda 被设置为与交互式 Jupyter notebook 一起工作有关。

Answer 2

通过将 conda lib 文件符号链接到 /lib/x86_64-linux-gnu/，我能够让它与我的 conda 安装一起使用。

ln -s -f /opt/miniconda/lib/libz.so.1 /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1

我注意到如果我运行 python 单独使用相同的导入它工作正常。看来网状不是 'seeing' 作为 libz 源的 conda lib，但确实在 /lib/x86_64-linux-gnu/ 目录中查找。

Python: 3.6
康达：4.5.1
OS：Ubuntu 14.04.1 LTS

Answer 3

我发现 reticulate 也有同样的错误，它不是从 anaconda 库中读取 zlib，而是从 /lib/x86_64-linux-gnu/.

每次使用脚本时，我只是运行来自终端的以下行，而不是符号链接：

export LD_LIBRARY_PATH=/home/craig/anaconda3/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

您实际上可以从 R 脚本中运行它，给出：

system('export LD_LIBRARY_PATH=/home/craig/anaconda3/lib/:$LD_LIBRARY_PATH')

Answer 4

我一直在使用 reticulate 和 R Markdown，你应该指定你的虚拟环境。例如我的 R Markdown 开始如下：

{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning = FALSE, cache.lazy = FALSE)
library(reticulate)

use_condaenv('pytorch')

然后您可以使用任何一种语言工作。因此，为了使用 matplotlib 进行绘图，我发现您需要 PyQt5 模块才能顺利完成运行。以下是 R Markdown 中的一个很好的情节。

{python plot}
import PyQt5
import numpy as np
import pandas as pd
import os

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.pyplot import figure

data = pd.read_csv('Subscriptions.csv',index_col='Date', parse_dates=True)

# make the nice plot
# set the figure size
fig = plt.figure(figsize = (15,10))

# the series
ax1 = fig.add_subplot(211)
ax1.plot(data.index.values, data.Opens, color = 'green', label = 'Opens')

# plot the legend for the first plot
ax1.legend(loc = 'upper right', fontsize = 14)

plt.ylabel('Opens', fontsize=16)

# Hide the top x axis
ax1.axes.get_xaxis().set_visible(False)

#######  NOW PLOT THE OTHER SERIES ON A SINGLE PLOT

# plot 212 is the MI series

# plot series
ax2 = fig.add_subplot(212)
ax2.plot(data.index.values, data.Joiners, color = 'orange', label = 'Joiners')

# plot the legend for the second plot
ax2.legend(loc = 'upper right', fontsize = 14)

# set the fontsize for the bottom plot
plt.ylabel('Joiners', fontsize=16)

plt.tight_layout()
plt.show()

在 R 中导入带有网状结构的 matplotlib

Importing matplotlib with reticulate in R

python

r

matplotlib

reticulate