使用 mlpack 时 Cython 模块中的未定义符号

Question

我在 Cython 中使用 mlpack 时遇到问题 "undefined symbol"。这是我的测试用例：

cdef extern from "<mlpack/core.hpp>" namespace "arma":
    ctypedef unsigned uword

    cdef cppclass vec:
        vec()
        vec(uword)

    cdef cppclass mat:
        mat()
        mat(uword, uword)
        void matprint "print" ()
        double& operator() (const uword, const uword)

cdef extern from "<mlpack/methods/pca/pca.hpp>" namespace "mlpack::pca":
    cdef cppclass ExactSVDPolicy:
        ExactSVDPolicy()

    cdef cppclass PCA[ExactSVDPolicy]:
        PCA()
        void Apply(const mat&, mat&, vec&, mat&)


cdef mat m = mat(4, 2)
(<double*>&m(0, 0))[0] = 1.2
(<double*>&m(1, 0))[0] = 1.0
(<double*>&m(2, 0))[0] = 0.8
(<double*>&m(3, 0))[0] = 0.6 
(<double*>&m(0, 1))[0] = 0.6
(<double*>&m(1, 1))[0] = 0.8
(<double*>&m(2, 1))[0] = 1.0
(<double*>&m(3, 1))[0] = 1.2

cdef vec eig = vec(2)
cdef mat coeff = mat(4, 2)
cdef PCA[ExactSVDPolicy] pca

m.matprint()
pca.Apply(m, m, eig, coeff)
m.matprint()

这是安装文件：

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize
from distutils.extension import Extension

setup(ext_modules = cythonize([Extension("pca", ["pca.pyx"], language='c++')]))

编译没问题，但是当我导入模块时，python 抱怨说：

undefined symbol: _ZN6mlpack5Timer5StartERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEE

我找了这个符号，它是在libmlpack.so中定义的。我把它放在/usr/local/lib中，它包含在LD_LIBRARY_PATH中，但似乎Python在运行时找不到符号。有没有人可以帮忙？谢谢。

Answer 1

扩展必须链接到它正在使用的库。

setup(ext_modules=cythonize([Extension(
    "pca", ["pca.pyx"], language='c++'),
    libraries='mlpack',
]))

所有符号都可以找到，库链接正确，可以通过ldd <.so>检查。

请参阅 Compiling and Linking Cython 文档。

使用 mlpack 时 Cython 模块中的未定义符号

undefined symbol in Cython module when using mlpack

c++

python

machine-learning

cython

mlpack