在单独的参数中提供数据框和列

Question

我知道如何通过 ggfortify 的 autoplot 绘制生存曲线（由 survival 包制作）。这里我使用 ovarian 数据框，也来自生存包。

library(survival)
library(ggfortify)

autoplot(survfit(Surv(ovarian$futime, ovarian$fustat) ~ ovarian$resid.ds))

可以只提供列名的survfit函数，单独指定数据框，如下：

autoplot(survfit(Surv(futime, fustat) ~ resid.ds, data = ovarian))

这很好用。我想做的是在开头使用 data 参数将它包装到我自己的函数中，这样我就可以使用管道并预先过滤我的数据帧，而不必创建大量新数据帧。

这是函数：

 myfun <- function(data, time, event, group){
      autoplot(survfit(Surv(time, event) ~ group, data))
 }

然而调用它会引发错误：

myfun(ovarian, futime, fustat, resid.ds)

Error in Surv(time, event) : object 'futime' not found

我是不是漏掉了什么？

Answer 1

我想我有。使用下标对列进行寻址工作得很好。

myfun <- function(data, time, event, group){
  autoplot(survfit(Surv(data[,time], data[,event]) ~ data[,group]))
}


filter(ovarian, futime < 500) %>%
myfun("futime", "fustat", "resid.ds")

如果您有更优雅或 "right" 的解决方案，我会洗耳恭听。 :-)

在单独的参数中提供数据框和列

Providing dataframe and columns in separate arguments

r

survival

ggfortify